流行病学鉴定和监测细菌爆发的方法

摘要

本发明涉及一种检测和监测细菌爆发的方法，包括预测如果其基因组距离低于第一预定阈值，则采集的菌株和来自数据库的菌株属于细菌爆发；如果其基因组距离高于第二预定阈值，所述第二阈值严格高于第一阈值，则采集的菌株和数据库的菌株不属于细菌爆发；如果其基因组距离在第一与第二预定阈值之间，则采集的菌株和数据库菌株可能属于细菌爆发。所述第一阈值大于或等于第三阈值，从而基因组距离低于所述第三阈值的两个菌株属于细菌爆发的预测具有最大特异性。所述第二阈值小于或等于第四阈值，从而基因组距离高于所述第四阈值的两个菌株不属于细菌爆发的预测具有最大灵敏度。