用于产生组织驻留记忆样T细胞的方法及其用途

摘要

本文提供了通过低氧和TGFβ的组合产生组织驻留记忆样T细胞的方法。本文还提供了使用组织驻留记忆T细胞作为过继细胞疗法的方法。

说明书

本申请要求于2018年10月18日提交的美国临时专利申请号62/747,523和于2019年5月10日提交的美国临时专利申请号62/846,270的权益，其全部内容通过引用并入本文。

序列表的并入

名为“UTFCP1408WO_ST25.txt”的文件中包含的序列表(其是在2019年10月17日创建的，大小为8KB(如在Microsoft

技术领域

1.领域

本发明通常涉及医学和免疫学领域。更具体地，其涉及用于产生组织驻留记忆样T细胞的方法及其用途。

背景技术

2.相关技术的描述

组织驻留记忆细胞(T

发明内容

在一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生组织驻留记忆样T细胞(T

在另一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生组织驻留记忆样T细胞(T

在又一个实施方案中，本公开内容提供了一种用于产生T

在一些方面，T细胞的起始群体是CD8

在某些方面，将低氧条件进一步定义为小于5％氧气，例如4％、3％、2％、1％或更少的氧气。在一些方面，低氧诱导剂是低氧模拟物。在特定方面，低氧诱导剂或低氧模拟物是氯化钴(CoCl

在一些方面，步骤(b)的培养是在TCR刺激和共刺激的存在下进行的。在某些方面，TCR刺激和共刺激包括抗CD3和抗CD28抗体、抗CD3和抗CD28珠子、饲养细胞、抗原呈递细胞、人工抗原呈递细胞、肽和/或蛋白抗原或其组合。在一些方面，TCR刺激和共刺激包含抗CD3和抗CD28珠子。在特定方面，步骤(b)的培养持续3-5天，例如持续4天。在某些方面，步骤(b)的培养在常氧(例如20％氧气)下进行。在某些方面，步骤(b)的培养步骤在IL-2(例如25-100IU/mL，例如25、50或75IU/mL)的存在下进行。在一些方面，步骤(b)的培养在低氧条件(例如2％氧气)下进行。在特定方面，在IL-15的存在下进行培养。在一些方面，IL-15以5-20ng/mL，例如7-12ng/mL，特别是7、8、9、10、11或12ng/mL的浓度存在。

在某些方面，TGF-β1进一步定义为重组人TGF-β1(rhTGF-β1)。在一些方面，rhTGF-β1以0.1至5ng/mL，例如1至1.5ng/mL，特别是1.1、1.15、1.2、1.25、1.3、1.35、1.4、1.45或1.5ng/mL的浓度存在。在一些实施方案中，rhTGF-β1以约2、3、4、5、6、7、8、9、10ng/mL的浓度存在。在其他实施方案中，rhTGF-β1以约15、20、25、30、35、40、45或50ng/mL的浓度存在。在一些方面，步骤(c)的培养是在低氧条件下或在低氧诱导剂的存在下进行的。在特定方面，步骤(c)的培养持续1-3天，例如持续2天。

在一些方面，T

在某些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在某些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在特定方面，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在某些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在一些方面，与在大气氧条件下培养的细胞相比，T

在其他方面，所述方法还包括产生对感兴趣的抗原具有特异性的T

在一些方面，感兴趣的抗原用于靶向或治疗肺癌(包括小细胞肺癌，非小细胞肺癌，肺腺癌和肺鳞状癌)，腹膜癌，胃部或胃癌(包括胃肠癌和胃肠间质癌)，胰腺癌，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，乳腺癌，结肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，肾脏或肾癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，各种类型的头颈癌或黑色素瘤。

本文进一步提供了不表达、大体上不表达或基本上不表达CXCR6蛋白的T

在另一个实施方案中，提供了一种用于治疗受试者中免疫相关病症的组合物，其包含有效量的基本上不表达CXCR6蛋白的T

本文还提供了有效量的基本上不表达CXCR6蛋白的T

在一些方面，感兴趣的抗原用于靶向或治疗肺癌(包括小细胞肺癌，非小细胞肺癌，肺腺癌和肺鳞状癌)，腹膜癌，胃部或胃癌(包括胃肠癌和胃肠间质癌)，胰腺癌，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，乳腺癌，结肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，肾脏或肾癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，各种类型的头颈癌或黑色素瘤。

在另一个实施方案中，提供了一种治疗受试者中的免疫相关病症的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的基本上不表达CXCR6蛋白的T

在一些方面，免疫相关病症是癌症、自身免疫病症、移植物抗宿主病、同种异体移植物排斥或炎性病况。在某些方面，受试者已接受组织或器官移植。

在其他方面，所述方法还包括施用至少一种治疗剂。在一些方面，至少一种第二治疗剂包括化学疗法、免疫疗法、手术、放射疗法或生物疗法。在一些方面，T

在另一个实施方案中，提供了一种治疗受试者中的病毒感染的方法，所述方法包括施用有效量的基本上不表达CXCR6的T

通过以下详细描述，本发明的其他目的、特征和优点将变得明显。然而，应该理解，详细描述和具体实施例虽然指示了本发明的优选实施方案，但是仅是通过示例的方式给出的，因为在本发明的精神和范围内的各种改变和修改对于本领域技术人员而言根据此详细描述将是明显的。

附图简要说明

以下附图构成本说明书的一部分，并且被包括在内以进一步说明本公开内容的某些方面。通过参考这些附图中的一个或多个附图，结合在本文呈现的具体实施方案的详细描述，可以更好地理解本公开内容。

图1：描绘用于产生组织驻留记忆细胞的方法的示意图。

图2A-2E：暴露于低氧和TGF-β1的人CD8

图3A-3C：与TGF-β1组合的低氧诱导表达人T

图4A-4B：低氧和TGF-β1协同诱导CD69

图5A-5F：低氧和TGF-β1诱导的T

图6A-6B：参与代谢、迁移以及T

图7A-7D：在低氧和TGF-β1中人CD8

图8A-8F：在10％O

图9A-9B：低氧和TGF-β1诱导的T

图10A-10C：(A)在存在HIF脯氨酰羟化酶抑制剂FG-4592(罗沙司他)的情况下，在20％O

举例说明性实施方案的描述

组织驻留记忆细胞(T

因此，本公开内容的某些实施方案提供了用于产生T

可以使T

本发明的T细胞，例如T细胞的起始群体，可以是工程化T细胞。在某些实施方案中，工程化T细胞包含表达嵌合抗原受体的T细胞(CAR T细胞)。在某些实施方案中，工程化T细胞包含表达能够结合肿瘤特异性表位或新表位的重组T细胞受体的T细胞。在一些实施方案中，使用本领域技术人员已知的许多良好建立的基因转移方法中的任何一种来构建工程化T细胞。在某些实施方案中，使用基于病毒载体的基因转移方法以引入编码对所需靶肿瘤抗原具有特异性的嵌合抗原受体或编码对所需肿瘤特异性表位或新表位具有特异性的重组TCR的核酸来构建工程化细胞。在某些实施方案中，使用基于非病毒载体的基因转移方法以引入编码对所需靶肿瘤抗原具有特异性的嵌合抗原受体或编码对所需肿瘤特异性表位或新表位具有特异性的重组TCR的核酸来构建工程化细胞。在某些实施方案中，基于病毒载体的基因转移方法包括慢病毒载体。在某些实施方案中，基于病毒载体的基因转移方法包括逆转录病毒载体。在某些实施方案中，基于病毒载体的基因转移方法包括腺病毒或腺相关病毒载体。基于非病毒载体的基因转移方法可包括游离型载体或转座子-转座酶系统。例如，转座子-转座酶系统可以是众所周知的Sleeping Beauty、Frog Prince转座子-转座酶系统或TTAA特异性转座子PiggyBac系统。在某些实施方案中，基于非病毒载体的基因转移方法包括选自锌指核酸酶(ZFN)、转录活化因子样效应子核酸酶(TALEN)和聚类规则间隔的短回文重复(CRISPR)/CRISPR相关蛋白9(Cas9)核酸酶的基因编辑方法。在某些实施方案中，基于非病毒载体的基因编辑方法包括转染或转化方法，其选自脂转染、核转染、基因枪、病毒体、脂质体、聚阳离子或脂质：核酸缀合物、裸DNA、人工病毒体、以及DNA的试剂增强摄取。

在某些实施方案中，CAR T细胞表达CAR构建体，其包含细胞外抗原结合结构域、任选的间隔序列、跨膜结构域、一个或多个细胞内信号传导结构域以及一个或多个任选的用于活化或失活CAR T细胞的调节序列。

在某些实施方案中，细胞外抗原结合结构域包含能够特异性结合所需靶标的部分。在某些实施方案中，能够特异性结合所需靶标的部分包含单克隆抗体或其抗原结合片段。在某些实施方案中，其抗原结合片段包含能够特异性结合所需靶标的单克隆抗体的单链可变片段(scFv)。在某些实施方案中，所需靶标是肿瘤特异性抗原。在某些实施方案中，肿瘤特异性抗原选自CD19、CD20、CD22、癌胚抗原、甲胎蛋白、CA-125、MUC-1、上皮肿瘤抗原、黑色素瘤相关抗原(MAGE)(例如MAGE-1、MAGE-11或MAGE-A)、突变的p53、突变的ras、HER2/Neu、ERBB2、叶酸结合蛋白、HIV-1包膜糖蛋白gp120、HIV-1包膜糖蛋白gp41、GD2、CD123、CD23、CD30、CD56、c-Met、间皮素、GD3、HERV-K、IL-11Rα、κ链、λ链、CSPG4、ERBB2、EGFRvIII、VEGFR2和人乳头瘤病毒(HPV)。在某些实施方案中，所需靶标是肿瘤特异性新表位。在某些实施方案中，通过计算机分析来鉴定肿瘤特异性新表位。在某些实施方案中，从源自人受试者的自体TIL群体中鉴定并纯化肿瘤特异性新表位。

在某些实施方案中，跨膜结构域包含能够形成能够跨越细胞膜的结构的任何合成或天然氨基酸序列。在某些实施方案中，能够跨越细胞膜的结构包括α螺旋。在某些实施方案中，跨膜区衍生自选自以下的天然存在的跨膜蛋白：CD3ζ、CD3ε、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、4-1BB/CD137、CD154、诱导性T细胞共刺激物(ICOS)/CD278、糖皮质激素诱导的TNFR相关蛋白(GITR)/CD357、NKG2D、TCRα和TCRβ。在某些实施方案中，衍生自天然存在的跨膜蛋白的跨膜区在已知参与与其他信号传导蛋白相互作用的序列中包含一个或多个氨基酸置换。

在某些实施方案中，一个或多个细胞内信号传导结构域包含一个或多个细胞内基于酪氨酸的活化基序(“ITAM”)。在某些实施方案中，一种或多种ITAM存在于CD3-zeta(CD3ζ)分子上。在某些实施方案中，一个或多个细胞内信号传导结构域还包括选自CD28、4-1BB/CD137、ICOS、OX40、CD2、CD40L、CD27、Light-R、GITR或其组合的共刺激信号传导结构域。

在某些实施方案中，T细胞包含能够结合肿瘤特异性表位或新表位的重组T细胞受体。在某些实施方案中，重组T细胞受体包含从分离自受试者的T细胞克隆的天然存在的TCR。在某些实施方案中，重组TCR包含异二聚体，其包含TCRα(TCRα)多肽和TCRβ(TCRβ)多肽(即TCRαβ)。在某些实施方案中，重组TCR包含异二聚体，其包含TCR gamma(TCRγ)多肽和TCR delta(TCRδ)多肽(即，TCRγδ)。

在某些实施方案中，重组TCRαβ包含从受试者中分离并且对衍生自所需靶标的肽抗原具有特异性的克隆的TCRαβ。在某些实施方案中，受试者是哺乳动物。在某些实施方案中，哺乳动物是人。在某些实施方案中，所需靶标是肿瘤特异性抗原，其选自：CD19、CD20、CD22、癌胚抗原、甲胎蛋白、CA-125、MUC-1、上皮肿瘤抗原、黑色素瘤相关抗原、突变的p53、突变的ras、HER2/Neu、ERBB2、叶酸结合蛋白、HIV-1包膜糖蛋白gp120、HIV-1包膜糖蛋白gp41、GD2、CD123、CD23、CD30、CD56、c-Met、间皮素、GD3、HERV-K、IL-11Rα、κ链、λ链、CSPG4、ERBB2、EGFRvIII和VEGFR2。在某些实施方案中，重组TCRγδ包含从受试者中分离并且对衍生自所需靶标的肽抗原具有特异性的克隆的TCRγδ。在某些实施方案中，受试者是哺乳动物。在某些实施方案中，哺乳动物是人。在某些实施方案中，所需靶标是肿瘤特异性抗原，其选自：CD19、CD20、CD22、癌胚抗原、甲胎蛋白、CA-125、MUC-1、上皮肿瘤抗原、黑色素瘤相关抗原、突变的p53、突变的ras、HER2/Neu、ERBB2、叶酸结合蛋白、HIV-1包膜糖蛋白gp120、HIV-1包膜糖蛋白gp41、GD2、CD123、CD23、CD30、CD56、c-Met、间皮素、GD3、HERV-K、IL-11Rα、κ链、λ链、CSPG4、ERBB2、EGFRvIII和VEGFR2。

本文进一步提供了将本文提供的T

表1.在转录分析中评估的组织驻留记忆细胞相关基因。

I.定义

如本文所用，就特定组分而言，“基本上不含”在本文中是指没有将指定组分故意地配制到组合物中和/或指定组分仅作为污染物或以痕量存在。因此，由组合物的任何意外污染导致的指定组分的总量远低于0.05％，优选低于0.01％。最优选的是其中用标准分析方法不能检测到指定组分的量的组合物。

如本文中所使用的，说明书中的“一个”或“一种”可以表示一个或多个/一种或多种。如在本文的权利要求中使用的，当与单词“包含”结合使用时，单词“一个”或“一种”可以表示一个或多于一个/一种或多于一种。

除非明确指出仅指代可选择方案或可选择方案是互斥的，否则在权利要求中使用术语“或”来表示“和/或”，尽管本公开内容支持指仅可选择方案和“和/或”的定义。如本文所用，“另一个/种”可以表示至少第二个/种或更多个/种。术语“约”、“大体上”和“大约”通常是指所述的值±5％。

“自身免疫疾病”是指其中免疫系统产生针对作为正常宿主一部分的抗原(即自身抗原)的免疫反应(例如B细胞或T细胞应答)从而对组织造成伤害的疾病。自身抗原可以来源于宿主细胞，或者可以来源于共生生物，例如通常定居在粘膜表面的微生物(已知为共生生物)。

术语“移植物抗宿主病(GVHD)”是指骨髓或其他组织移植的常见且严重的并发症，其中捐赠的具有免疫能力的淋巴细胞对移植接受者自身的组织有反应。GVHD是使用或包含来自相关或不相关供体的干细胞的任何移植的可能并发症。在一些实施方案中，GVHD是慢性GVHD(cGVHD)。

如本文所用，术语“嵌合抗原受体”、“CAR”、“嵌合T细胞受体”、“人工T细胞受体”或“嵌合免疫受体”是指将所需的非MHC受限的抗原结合特异性嫁接到免疫效应细胞(例如效应T细胞)上的工程化嵌合受体构建体。CAR可以包含例如细胞外抗原结合结构域(例如，抗体或抗体片段，例如具有所需抗原特异性的单链可变片段(scFv))、间隔序列、跨膜结构域和一个或多个细胞内信号传导结构域。示例性细胞内信号传导结构域可包含一个或多个细胞内基于酪氨酸的活化基序(“ITAM”)，例如CD3-zeta(CD3ζ)，和/或一个或多个共刺激信号传导结构域，诸如例如，CD28、4-1BB/CD137、ICOS、OX40或其组合。

如本文所用，术语“治疗”、“医治”及类似术语是指通过例如向受试者施用治疗剂或通过对受试者进行外科手术、临床或其他医疗程序而改善、减轻或以其他方式缓和受试者的疾病或病况的症状的过程。

如本文所用，术语“受试者”或“患者”在本文中可互换使用，是指个体，例如人或非人生物，例如灵长类动物、哺乳动物或脊椎动物。

在本申请全文中使用的术语“治疗有益”或“治疗有效”是指就该病况的医学治疗而言促进或增强受试者的健康的任何事物。这包括但不限于减少疾病的体征或症状的频率或严重程度。例如，癌症的治疗可涉及例如肿瘤尺寸的减小、肿瘤的侵袭性的减小、癌症的生长速率的减小或转移的预防。癌症的治疗还可以指延长患有癌症的受试者的存活。

如本文中通常使用的，“药学上可接受的”是指在合理的医学判断范围内适合用于与人类和动物的组织、器官和/或体液接触而没有过度的毒性、刺激性、过敏性反应或其他问题或并发症且具有合理的获益/风险比使用的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。

“药学上可接受的盐”是指本文所公开的化合物的盐，其如上所定义是药学上可接受的，并且具有所需的药理活性。这样的盐包括与无机酸或与有机酸形成的酸加成盐，所述无机酸为例如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等；所述有机酸为例如1,2乙二磺酸，2-羟基乙磺酸，2-萘磺酸，3-苯基丙酸，4,4’-亚甲基双(3-羟基-2-烯-1-羧酸)，4甲基双环[2.2.2]辛基-2-烯-1羧酸，乙酸，脂肪族单羧酸和脂肪族二羧酸，脂肪族硫酸，芳族硫酸，苯磺酸，苯甲酸，樟脑磺酸，碳酸，肉桂酸，柠檬酸，环戊烷丙酸，乙磺酸，富马酸，葡庚糖酸，葡萄糖酸，谷氨酸，乙醇酸，庚酸，己酸，羟基萘甲酸，乳酸，十二烷基硫酸，马来酸，苹果酸，丙二酸，扁桃酸，甲磺酸，粘康酸，邻(4-羟基苯甲酰基)苯甲酸，草酸，对氯苯磺酸，苯基取代的链烷酸，丙酸，对甲苯磺酸，丙酮酸，水杨酸，硬脂酸，琥珀酸，酒石酸，叔丁基乙酸，三甲基乙酸等。药学上可接受的盐还包括碱加成盐，其可以在存在的酸性质子能够与无机或有机碱反应时形成。可接受的无机碱包括氢氧化钠，碳酸钠，氢氧化钾，氢氧化铝和氢氧化钙。可接受的有机碱包括乙醇胺，二乙醇胺，三乙醇胺，氨丁三醇，N-甲基葡糖胺等。应当认识到，形成本发明的任何盐的一部分的特定阴离子或阳离子不是关键的，只要该盐整体上是药学上可接受的。药学上可接受的盐的另外的实例及其制备和使用方法在Handbook of PharmaceuticalSalts:Properties、and Use(P.H.Stahl&C.G.Wermuth eds.、Verlag Helvetica ChimicaActa、2002)中提出。

“药学上可接受的承载体”、“药物承载体”或简称“承载体”是与活性成分药物一起配制的药学上可接受的物质，其参与运载、递送和/或运输化学试剂。药物承载体可以用于改善药物的递送和有效性，包括例如用于控释技术以调节药物生物利用度、降低药物代谢和/或降低药物毒性。一些药物承载体可能提高向特定靶部位的药物递送的有效性。承载体的实例包括：脂质体，微球(例如，由聚(乳酸-共-乙醇酸)制成)，白蛋白微球，合成聚合物，纳米纤维，蛋白质-DNA复合物，蛋白质缀合物，红细胞，病毒体和树状聚合物。

术语“培养”是指细胞在合适培养基中的体外维持、分化和/或繁殖。“富集的”是指组合物包含的细胞在总细胞中存在的百分比相比细胞在生物体中存在于的组织中所发现的百分比更高。

“分离的”生物组分(例如血液学材料的一部分，例如血液组分)是指已经与其中天然存在该组分的生物体的其他生物组分大体上分离或纯化的组分。分离的细胞是已经与其中天然存在该细胞的生物体的其他生物组分大体上分离或纯化的细胞。

II.使用方法

在一些实施方案中，本公开内容提供了用于过继细胞疗法的方法，其包括施用有效量的本公开内容的T

本发明的治疗方法可用于的肿瘤包括任何恶性细胞类型，例如在实体瘤或血液学肿瘤中发现的那些。示例性实体瘤可包括但不限于选自以下的器官的肿瘤：胰腺、结肠、盲肠、胃、脑、头、颈、卵巢、肾、喉、肉瘤、肺、膀胱、黑色素瘤、前列腺和乳房。示例性血液肿瘤包括骨髓瘤、T或B细胞恶性肿瘤、白血病、淋巴瘤、胚细胞瘤、骨髓瘤等。可以使用本文提供的方法治疗的癌症的其他实例包括但不限于肺癌(包括小细胞肺癌，非小细胞肺癌，肺腺癌和肺鳞状癌)，腹膜癌，胃部或胃癌(包括胃肠癌和胃肠间质癌)，胰腺癌，宫颈癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，乳腺癌，结肠癌，结肠直肠癌，子宫内膜或子宫癌，唾液腺癌，肾脏或肾癌，前列腺癌，外阴癌，甲状腺癌，各种类型的头颈癌或黑色素瘤。

癌症可以具体地是以下组织学类型，尽管不限于这些：赘生物，恶性；癌；癌，未分化；巨细胞和梭形细胞癌；小细胞癌；乳头状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌；毛基质癌；移行细胞癌；乳头状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性；胆管癌；肝细胞癌；组合的肝细胞癌和胆管癌；小梁腺癌；腺样囊性癌；腺瘤息肉中的腺癌；腺癌，家族性结肠息肉病；实体癌；类癌瘤，恶性；支气管肺泡腺癌；乳头状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱性粒细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡性腺癌；乳头状和滤泡性腺癌；非包膜硬化性癌；肾上腺皮质癌；子宫内膜样癌；皮肤附属物癌；大汗腺腺癌；皮脂腺癌；盯聍腺腺癌；粘液表皮样癌；囊腺癌；乳头状囊腺癌；乳头状浆液性囊腺癌；粘液性囊腺癌；粘液腺癌；印戒细胞癌；浸润性导管癌；髓质癌；小叶癌；炎性癌；佩吉特氏病，乳腺；腺泡细胞癌；腺鳞癌；腺癌伴鳞状上皮化生；胸腺瘤，恶性；卵巢间质瘤，恶性；泡膜细胞瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；雄性母细胞瘤，恶性；sertoli细胞癌；莱氏细胞肿瘤，恶性；脂质细胞瘤，恶性；副神经节瘤，恶性；乳腺外副神经节瘤，恶性；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤；恶性黑色素瘤；无黑素性黑色素瘤；浅表扩散性黑色素瘤；雀斑样痣恶性黑色素瘤；肢端雀斑黑色素瘤；结节性黑色素瘤；巨大色素痣中的恶性黑色素瘤；上皮样细胞黑色素瘤；蓝色痣，恶性；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性；粘液肉瘤；脂肪肉瘤；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎横纹肌肉瘤；肺泡横纹肌肉瘤；基质肉瘤；混合性肿瘤，恶性；缪氏混合瘤；肾母细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间质瘤，恶性；布伦纳瘤，恶性；叶状瘤，恶性；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性；无性细胞瘤；胚胎癌；畸胎瘤，恶性；卵巢甲状腺瘤，恶性；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性；卡波西氏肉瘤；血管外皮瘤，恶性；淋巴管肉瘤；骨肉瘤；皮质旁骨肉瘤；软骨肉瘤；软骨母细胞瘤，恶性；间质软骨肉瘤；骨巨细胞瘤；尤因氏肉瘤；牙源性肿瘤，恶性；成釉细胞牙肉瘤；成釉细胞瘤，恶性；成釉细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性；脊索瘤；胶质瘤，恶性；室管膜瘤；星形细胞瘤；原生质星形细胞瘤；纤维性星形细胞瘤；星形母细胞瘤；胶质母细胞瘤；少突胶质细胞瘤；少突胶质母细胞瘤；原始神经外胚层；小脑肉瘤；神经节神经母细胞瘤；成神经细胞瘤；视网膜母细胞瘤；嗅觉神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性；颗粒细胞瘤，恶性；恶性淋巴瘤；霍奇金病；霍奇金氏；类肉芽肿；恶性淋巴瘤，小淋巴细胞性；恶性淋巴瘤，大细胞，弥漫性；恶性淋巴瘤，滤泡性；蕈样真菌病；其他指定的非霍奇金淋巴瘤；B细胞淋巴瘤；低级/滤泡性非霍奇金淋巴瘤(NHL)；小淋巴细胞(SL)NHL；中级/滤泡性NHL；中级弥散性NHL；高级免疫母细胞性NHL；高级淋巴母细胞性NHL；高级小非裂解细胞NHL；巨大肿块NHL；套细胞淋巴瘤；艾滋病相关淋巴瘤；Waldenstrom巨球蛋白血症；恶性组织细胞增生症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增生性小肠疾病；白血病；淋巴性白血病；浆细胞性白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞性白血病；骨髓性白血病；嗜碱性粒细胞性白血病；嗜酸性粒细胞性白血病；单核细胞性白血病；肥大细胞性白血病；巨核母细胞性白血病；髓样肉瘤；毛细胞性白血病；慢性淋巴细胞性白血病(CLL)；急性淋巴细胞性白血病(ALL)；急性髓细胞性白血病(AML)；和慢性成髓细胞性白血病。

特定实施方案涉及白血病的治疗方法。白血病是血液或骨髓的癌症，其特征在于血细胞通常是白血球(白细胞)的异常增殖(通过繁殖产生)。它是被称为血液肿瘤的广泛疾病的一部分。白血病是涵盖多种疾病的广义术语。白血病在临床和病理上被分类为急性和慢性疾病。

在本公开内容的某些实施方案中，将T

本公开内容的某些实施方案提供了用于治疗或预防免疫介导的病症的方法。在一个实施方案中，受试者患有自身免疫性疾病。自身免疫性疾病的非限制性例子包括：斑秃，强直性脊柱炎，抗磷脂综合征，自身免疫性Addison病，肾上腺自身免疫性疾病，自身免疫性溶血性贫血，自身免疫性肝炎，自身免疫性卵巢炎和睾丸炎，自身免疫性血小板减少症，白塞氏病，大疱性类天疱疮，心肌病，乳糜泻性皮炎(celiac spate-dermatitis)，慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)，慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经病，Churg-Strauss综合征，瘢痕性类天疱疮，CREST综合征，冷凝集素病，克罗恩病，盘状狼疮，原发性混合性冷球蛋白血症，纤维肌痛-纤维肌炎，肾小球肾炎，格雷夫斯病，格林-巴利，桥本氏甲状腺炎，特发性肺纤维化，特发性血小板减少性紫癜(ITP)，IgA神经病，青少年关节炎，扁平苔藓，红斑狼疮，美尼尔病，混合性结缔组织病，多发性硬化，1型或免疫介导的糖尿病，重症肌无力，肾病综合征(例如轻微变化疾病，局灶性肾小球硬化或膜性肾病)，寻常型天疱疮，恶性贫血，结节性多动脉炎，多发性软骨炎，多腺体综合征，风湿性多肌痛，多发性肌炎和皮肌炎，原发性无丙种球蛋白血症，原发性胆汁性肝硬化，银屑病，银屑病关节炎，雷诺现象，莱特尔氏综合征，类风湿性关节炎，结节病，硬皮病，干燥综合征，僵硬综合征，系统性红斑狼疮，红斑狼疮，溃疡性结肠炎，葡萄膜炎，血管炎(例如结节性多动脉炎，大动脉炎，颞动脉炎/巨细胞性动脉炎或疱疹样皮炎性血管炎)，白癜风和韦格纳肉芽肿病。因此，可以使用本文公开的方法治疗的自身免疫性疾病的一些实例包括但不限于多发性硬化症，类风湿性关节炎，系统性红斑狼疮，I型糖尿病，克罗恩病；溃疡性结肠炎，重症肌无力，肾小球肾炎，强直性脊柱炎，血管炎或银屑病。受试者还可以患有过敏性疾病，例如哮喘。

在另一个实施方案中，受试者是移植的器官或干细胞的接受者，并且T

在一些实施方案中，可以在T

在某些实施方案中，将促进T

治疗有效量的T

用于过继细胞疗法的T

可以以与用于治疗疾病的护理标准相一致的治疗方案施用T

T

A.组合疗法

在某些实施方案中，本文提供的方法进一步包括向受试者施用至少一种另外的治疗剂的步骤。本文公开的所有其他治疗剂将考虑任何潜在的毒性、可能的副作用和任何其他相关因素，根据每种特定的组合物或疗法的良好临床实践施用至受试者。

在某些实施方案中，另外的疗法可以是免疫疗法、放射疗法、手术(例如肿瘤的手术切除)、化学疗法、骨髓移植或前述的组合。另外的疗法可以是靶向疗法。在某些实施方案中，在主要治疗之前施用另外的疗法(即，作为辅助疗法)。在某些实施方案中，在主要治疗之后施用另外的疗法(即，作为新辅助疗法)。

在某些实施方案中，另外的疗法包括免疫疗法。在某些实施方案中，免疫疗法包含免疫检查点抑制剂。在某些实施方案中，免疫检查点抑制剂抑制选自以下的免疫检查点蛋白：程序性细胞死亡途径1(PD-1/CD279)及其配体(PD-L1/CD274和PD-L2/CD273)，细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4/CD152)，淋巴细胞活化基因3(LAG-3/CD223)，B和T淋巴细胞衰减子(BTLA)，带有Ig的T细胞免疫受体和基于酪氨酸的免疫受体抑制基序(ITIM)结构域(TIGIT)，T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3(TIM-3/HAVcr2)，杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR/CD158)，T细胞活化的V结构域免疫球蛋白抑制剂(VISTA)和腺苷A2a受体(A2aR)。在一些方面，免疫疗法是4-1BB激动剂。示例性的4-1BB激动剂包括但不限于4-1BB激动剂抗体(例如Utomilumab)，重组4-1BB(包括但不限于可溶性、基质结合、支架结合形式)和4-1BB适体。

在某些实施方案中，免疫检查点抑制剂是PD-1结合拮抗剂。在某些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在某些实施方案中，抗PD-1抗体选自纳武单抗、派姆单抗和CT-011。在某些实施方案中，PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如，包含与免疫球蛋白恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PDL1或PDL2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。

在某些实施方案中，免疫检查点抑制剂是CTLA-4结合拮抗剂。在某些实施方案中，CTLA-4结合拮抗剂是抗CTLA-4抗体。在某些实施方案中，抗CTLA-4抗体选自伊匹木单抗(ipilimumab)和替西木单抗(tremelimumab)。

在某些实施方案中，另外的治疗剂包括使用放射疗法的治疗。在某些实施方案中，放射疗法选自gamma射线(γ射线)，X射线，微波，质子束辐照，紫外线辐照和放射性同位素向肿瘤的定向递送。在某些实施方案中，放射疗法包括使用X射线的治疗。在某些实施方案中，在三至四周的时间内以50至200伦琴的日剂量施用X射线。在某些实施方案中，以2000至6000伦琴的单剂量施用X射线。在某些实施方案中，放射疗法包括将放射性同位素直接递送至肿瘤。放射性同位素的剂量范围根据同位素的半衰期、发出的辐射的强度和类型以及肿瘤细胞的吸收程度而广泛变化，但是适当的治疗有效剂量的确定在本领域普通技术人员的水平内。

在某些实施方案中，另外的治疗剂包括施用用于治疗与主要治疗有关的副作用(例如，恶心、恶病质等)的药剂。在某些实施方案中，另外的疗法包括免疫疗法。在某些实施方案中，另外的疗法包括放射疗法。在一些实施方案中，放射疗法包括伽马辐射。在某些实施方案中，另外的疗法包括手术。在某些实施方案中，另外的疗法包括放射疗法和手术的组合。在某些实施方案中，另外的疗法包括用选自以下的化学治疗剂类别进行治疗：烷基化剂，蒽环类，细胞骨架破坏剂，埃坡霉素，组蛋白脱乙酰酶抑制剂，拓扑异构酶I抑制剂，拓扑异构酶II抑制剂，激酶抑制剂，核苷酸类似物和核苷酸前体类似物，肽抗生素，铂基化合物，类维生素A，长春花生物碱及其衍生物。

本文考虑的另外的疗法可以在本文提供的组合物的施用之前、之后或同时施用。在某些实施方案中，在本文提供的组合物之前施用另外的疗法。在某些实施方案中，在本文提供的组合物之后施用另外的疗法。在某些实施方案中，在施用本文提供的组合物之前或之后，以一个或多个间隔施用另外的疗法。确定施用另外的疗法的合适间隔以使所治疗的受试者受益于组合疗法在本领域普通技术人员的水平内。

B.药物组合物

在另一方面，本文提供了包含T

本文所述的药物组合物和制剂可通过将具有所需纯度的活性成分(例如抗体或多肽)与一种或多种任选的药学上可接受的承载体混合来制备(Remington'sPharmaceutical Sciences第22版，2012)，其呈水溶液形式，例如生理盐水(例如0.9％)和人血清白蛋白(例如10％)。药学上可接受的承载体通常在所采用的剂量和浓度下对接受者无毒，并且包括但不限于：缓冲剂，例如磷酸盐、柠檬酸盐和其他有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(例如十八烷基二甲基苄基氯化铵；六甲基氯化铵；苯扎氯铵；苄索氯铵；苯酚、丁醇或苄醇；对羟基苯甲酸烷基酯，例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，例如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，例如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，例如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其他碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，例如EDTA；糖，例如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨糖醇；盐形成抗衡离子，例如钠；金属配合物(例如锌蛋白配合物)；和/或非离子表面活性剂，例如聚乙二醇(PEG)。

III.试剂盒

在一些实施方案中，提供了一种试剂盒，其可以包含例如用于产生T

IV.实施例

包括以下实施例以证明本发明的优选实施方案。本领域技术人员应当理解，以下实施例中公开的技术代表发明人发现的在本发明的实践中发挥良好作用的技术，因此可以认为构成其实践的优选方式。然而，根据本公开内容，本领域技术人员应当理解，可以在所公开的具体实施方案中进行许多改变，并且在不脱离本发明的精神和范围的情况下仍可获得类似或相似的结果。

实施例1–组织驻留记忆T细胞的产生

外周血样品获自健康人受试者。使用FACS对血液进行分选，以分离幼稚(CD45RA

已发现与TGF-β1组合的低氧诱导了CD69

在添加或不添加rhTGF-β1的情况下通过低氧活化幼稚CD8

此外，发现低氧和TGF-β1诱导的T

本研究显示低氧和TGF-β1协同诱导CD8

实施例2–材料和方法

细胞分离和体外细胞培养：通过白细胞分离术收集健康供体外周血单核细胞(PBMC)，并储存在液氮中直至使用。所有人类样品的收集均在知情同意下进行，并得到UTMD安德森癌症中心的机构审查委员会(IRB)的批准。使用StemCell EasySep

流式细胞术：为了分析人TRM相关标志物，从细胞中除去珠子，并在染色缓冲液中将细胞洗涤一次，并用Live/Dead Fixable Aqua(Life Technologies)和针对CD8、CD69、CD103、PD-1、CD101、CXCR6和CD49a的荧光染料缀合的抗体(均来自Biolegend)进行染色。染色后，将细胞在4％多聚甲醛固定缓冲液(Biolegend)中固定，洗涤，并保存在染色缓冲液中直至分析。使用ACEA

实时定量PCR(qRT-PCR或qPCR)：为了分析人T

表2：引物序列。

RNA测序转录组分析：使用FACSAria

使用利用Ingenuity Knowledge Base中的所有基因作为参考集的

统计分析：使用GraphPad Prism(版本7，GraphPad软件，San Diego,CA)进行数据的图形表示和统计分析。数据显示为平均值±SEM。实验组之间的结果使用图例中描述的统计检验(ANOVA始终后接Tukey多重比较检验)进行比较。p<0.05被认为是统计学上显著的。

实施例3-低氧作为人组织驻留记忆T细胞分化的环境提示

在低氧和TGF-β1中分化的人CD8

定量实时PCR(qPCR)用于评估大批群体的与T

流式细胞术分析以评估被认为是人T

低氧和TGF-β1暴露是T

为了评估低氧和TGF-β1对诱导T

体外诱导的T

内源性T

为了获得对发现的生理相关性的见解，使用来自已公开的关于将来自外周血的CD103

比较CD69

观察到参与白细胞外渗信号传导、上皮粘附连接信号传导、整联蛋白信号传导和Paxilin信号传导的差异表达基因的富集，它们均参与粘着斑信号传导并暗示迁移编程的改变(图6B)。还富集了参与肌醇磷酸信号传导的多种途径，即3-磷酸肌醇生物合成，肌醇磷酸化合物的超途径，D-肌醇(1,4,5,6)-四磷酸生物合成和D-肌醇(3,4,5,6)-四磷酸生物合成；与先前的报道一致，即PI(3)K(磷脂酰肌醇-3-OH激酶)信号传导与细胞因子诱导的KLF2下调有关并且可能在T

为了更好地理解低氧+TGF-β诱导的T

进行了进一步的研究以评估HIF脯氨酰羟化酶抑制剂FG-4592(罗沙司他)与TGFB1组合的作用。在HIF脯氨酰羟化酶抑制剂FG-4592(罗沙司他)的存在下，在20％O

接下来，在20％O

因此，本研究重现了来自人外周血来源的T细胞的体外T

鉴于本公开内容，可以在不进行过度实验的情况下进行和执行本文公开和要求保护的所有方法。尽管已经根据优选的实施方案描述了本发明的组合物和方法，但是对于本领域技术人员而言明显的是，可以在不背离本发明的概念、精神和范围的情况下对所述方法以及本文描述的方法的步骤或步骤顺序进行变化。更具体地，将明显的是，某些化学和生理相关的试剂可以代替本文所述的试剂，同时将获得相同或相似的结果。对于本领域技术人员明显的所有这些类似的替代和修改都被认为落入所附权利要求书所限定的本发明的精神、范围和概念之内。

参考资料

就提供示例性的程序或补充本文所示的内容的其他细节的程度，以下参考文献通过引用明确并入本文。

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<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 22

<212> DNA

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