技术领域
本发明涉及分子遗传学技术领域,尤其涉及一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组、试剂盒及其应用。
背景技术
STR(short tandem repeats,短串连重复序列)又称微卫星序列,是大量存在于人类基因组 DNA中的短串连重复序列,重复单位为2~6个核苷酸。由于具有高度多态性和稳定性,并且与AMP-FLP和VNTR等分型方法相比,STR基因分型方法所扩增的产物长度小得多(小于500bp),因此对于模板质量要求较低,即使降解的DNA模板也可以进行分析。此外,STR分型适用于多种DNA纯化方法所纯化的DNA,而这些纯化方法所获得的DNA量往往不够作Southern印迹分析。鉴于以上这些特点,STR分型技术已经广泛应用于身份识别鉴定。
目前公布的20个Y-STR核心基因座(20个基因座,包含DYS19、DYS385 a/b、DYS389I、 DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS437、DYS438、DYS439、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、YGATAH4、DYS481、DYS533、DYS576)及15个Y-STR优选基因座(15个基因座,包含DYS643、DYS460、DYS549、DYS387S1a/b、DYS449、DYS518、 DYS627、DYS570、DYS527a/b、DYS447、DYS437、DYS557、DYS596用于扩大筛查使用),相对应的,DNA鉴定对试剂盒的基因座数量、特异性及试剂盒的灵敏度就有了更高的需求。而目前市面上的试剂盒大多只包含有29个核心和优选基因座,在优选基因座上各家的试剂盒各不相同,在使用过程中极不方便,通常需要多款试剂盒联合使用,才能得到更多的基因座信息,也需要耗费更多的时间。
发明内容
本发明的目的在于提供一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组、试剂盒及其应用,本发明的引物组和试剂盒扩增的基因座数量多、特异性强、灵敏度高。
为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
本发明提供了一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组,所述44个Y-STR基因座包括41个Y染色体STR基因座和3个Y-indel基因座;所述41个Y染色体STR基因座分别为:DYS576,DYS392,DYS481,DYS549,DYS596,DYS627,DYF404S1a/b,DYS393,DYS391, DYS390,DYS448,DYS449,DYS570,DYS593,DYF456,DYS19,Y_GATA_H4,DYS533, DYS527,DYS557,DYS437,DYS522,DYS438,DYS389I,DYS635,DYS389II,DYS447, DYS518,DYS388,DYS645,DYS460,DYS458,DYS437,DYS439,DYS385a/b,DYF387S1a/b 和DYS643;所述3个Y-indel基因座分别为:rs759551978,rs2032678和rs771783753;
用于扩增rs759551978的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;用于扩增rs2032678的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:3所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示;用于扩增DYS576的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示;用于扩增DYS392的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:8所示;用于扩增DYS481的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:9所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示;用于扩增DYS549的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:11所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示;用于扩增DYS596的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:14所示;用于扩增DYS627 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:15所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:16 所示;用于扩增DYF404S1a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:17所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:18所示;用于扩增rs771783753的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:19所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:20所示;用于扩增DYS393的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:21所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:22所示;用于扩增3DYS391的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:23所示,下游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:24所示;用于扩增DYS390的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:25所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:26所示;用于扩增DYS448的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:27所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:28所示;用于扩增DYS449 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:29所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:30 所示;用于扩增DYS570的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:31所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:32所示;用于扩增DYS593的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 33所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:34所示;用于扩增DYS456的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:35所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:36所示;用于扩增 DYS19的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:37所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 38所示;用于扩增Y_GATA_H4的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:39所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:40所示;用于扩增DYS533的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:41所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:42所示;用于扩增DYS527的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:43所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:44所示;用于扩增DYS557的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:45所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:46所示;用于扩增DYS437的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:47所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:48所示;用于扩增DYS522的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:49所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:50所示;用于扩增DYS438的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:51所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:52所示;用于扩增DYS389I的上游引物的核苷酸序列如SEQID NO:53所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:54所示;用于扩增DYS635的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:55所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:56所示;用于扩增3DYS389II的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:57所示,下游引物的核苷酸序列如SEQID NO:58所示;用于扩增DYS447 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:59所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:60 所示;用于扩增DYS518的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:61所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:62所示;用于扩增DYS388的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 63所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:64所示;用于扩增DYS645的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:65所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:66所示;用于扩增 DYS460的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:67所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:68所示;用于扩增DYS458的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:69所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:70所示;用于扩增DYS437的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:71所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:72所示;用于扩增DYS439的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:73所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:74所示;用于扩增DYS385a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:75所示,下游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:76所示;用于扩增DYS387S1a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:77所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:78所示;用于扩增DYS643的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:79所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:80所示。
优选的,所述44个Y-STR基因座分为五组,其中,
第一组包括:rs759551978,rs2032678,DYS576,DYS392,DYS481,DYS549,DYS596,DYS627和DYF404S1a/b;
第二组包括:rs771783753,DYS393,DYS391,DYS390,DYS448,DYS449,DYS570 和DYS593;
第三组包括:DYS456,DYS19,Y_GATA_H4,DYS533,DYS527,DYS557,DYS437 和DYS522;
第四组包括:DYS438,DYS389I,DYS635,DYS389II,DYS447,DYS518,DYS388和DYS645;
第五组包括:DYS460,DYS458,DYS437,DYS439,DYS385a/b,DYF387S1a/b和DYS643;
所述第一组到第五组STR基因座的引物采用的荧光染料彼此不同。
本发明还提供了上述方案所述引物组的试剂盒。
优选的,所述试剂盒还包括PCR反应预混液和去离子水。
优选的,所述试剂盒还包括分子量内标和等位基因阶梯。
优选的,所述引物组中,
SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示引物的浓度独立为0.37~0.47μM;
SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示引物的浓度独立为0.04~0.14μM;
SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示引物的浓度独立为0.03~0.13μM;
SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8所示引物的浓度独立为0.25~0.35μM;
SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示引物的浓度独立为0.08~0.19μM;
SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:12所示引物的浓度独立为0.33~0.43μM;
SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示引物的浓度独立为0.1~0.2μM;
SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16所示引物的浓度独立为0.31~0.41μM;
SEQ ID NO:17和SEQ ID NO:18所示引物的浓度独立为0.11~0.21μM;
SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20所示引物的浓度独立为0.05~0.15μM;
SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22所示引物的浓度独立为0.13~0.22μM;
SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:24所示引物的浓度独立为0.22~0.32μM;
SEQ ID NO:25和SEQ ID NO:26所示引物的浓度独立为0.12~0.21μM;
SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28所示引物的浓度独立为0.05~0.13μM;
SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30所示引物的浓度独立为0.26~0.36μM;
SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:32所示引物的浓度独立为0.23~0.32μM;
SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:34所示引物的浓度独立为0.33~0.42μM;
SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示引物的浓度独立为0.04~0.12μM;
SEQ ID NO:37和SEQ ID NO:38所示引物的浓度独立为0.16~0.21μM;
SEQ ID NO:39和SEQ ID NO:40所示引物的浓度独立为0.07~0.15μM;
SEQ ID NO:41和SEQ ID NO:42所示引物的浓度独立为0.12~0.18μM;
SEQ ID NO:43和SEQ ID NO:44所示引物的浓度独立为0.05~0.14μM;
SEQ ID NO:45和SEQ ID NO:46所示引物的浓度独立为0.04~0.13μM;
SEQ ID NO:47和SEQ ID NO:48所示引物的浓度独立为0.08~0.17μM;
SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50所示引物的浓度独立为0.1~0.2μM;
SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:52所示引物的浓度独立为0.33~0.41μM;
SEQ ID NO:53和SEQ ID NO:54所示引物的浓度独立为0.267~0.32μM;
SEQ ID NO:55和SEQ ID NO:56所示引物的浓度独立为0.04~0.14μM;
SEQ ID NO:57和SEQ ID NO:58所示引物的浓度独立为0.03~0.1μM;
SEQ ID NO:59和SEQ ID NO:60所示引物的浓度独立为0.38~0.48μM;
SEQ ID NO:61和SEQ ID NO:62所示引物的浓度独立为0.1~0.19μM;
SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64所示引物的浓度独立为0.34~0.42μM;
SEQ ID NO:65和SEQ ID NO:66所示引物的浓度独立为0.35~0.45μM;
SEQ ID NO:67和SEQ ID NO:68所示引物的浓度独立为0.18~0.25μM;
SEQ ID NO:69和SEQ ID NO:70所示引物的浓度独立为0.16~0.25μM;
SEQ ID NO:71和SEQ ID NO:72所示引物的浓度独立为0.04~0.08μM;
SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74所示引物的浓度独立为0.07~0.12μM;
SEQ ID NO:75和SEQ ID NO:76所示引物的浓度独立为0.09~0.18μM;
SEQ ID NO:77和SEQ ID NO:78所示引物的浓度独立为0.03~0.12μM;
SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80所示引物的浓度独立为0.14~0.23μM。
优选的,所述PCR反应预混液以去离子水为溶剂,包括以下浓度的组分:0.19~0.38U/μl 的热启动Taq DNA聚合酶、100~200mM的Tris缓冲液、100~200mM的KCL、3.75~7.5mM 的MgCl
优选的,所述等位基因阶梯和所述Y染色体STR基因座的对应关系为:
在第一组中:rs759551978对应1,2;rs2032678对应1,2;DYS576对应 11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23;DYS392对应7,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21; DYS481对应16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32;DYS549对应7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17;DYS596对应12,13,14,15,16,17,18;DYS627对应 15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26;DYF404S1a/b对应11,12,13,14,15,16,17;
在第二组中:rs771783753对应1,2;DYS393对应8,9,10,11,12,13,14,15,16;DYS391对应 5,6,7,8,9,10,11,12,13,1,15,16;DYS390对应17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27;DYS448对应 16,17,18,19,20,21,22,23,24;DYS449对应 22,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,40,41,42;DYS570对应 10,11,12,13,14,15,16,17,18,20,21,23,24,25;DYS593对应14,15,16,17,18;
在第三组中:DYS456对应13,14,15,16,17,18,19;DYS19对应 10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20;Y_GATA_H4对应8,9,10,11,12,13,14对应DYS533: 7,8,9,10,11,12,13,14,15,16;DYS527对应13,14,15,16,17,19,20,21,22,23,24,25,26,27;DYS557对应12,13,14,15,16,17,18,19,20,21;DYS437对应10,11,12,13,14,15,16;DYS522对应 9,10,11,12,13,14。
在第四组中:DYS438对应9,10,11,12,13,14;DYS389I对应10,11,12,13,14,15;DYS635 对应17,18,19,20,21,22,23,24,25,26;DYS389II对应24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34;DYS447 对应22,23,24,25,26,27,28,29,30;DYS518对应32,33,34,35,36,37,38,39,40,41;DYS388对应 9,10,11,12,13,14,15;DYS645对应7,8,9;
在第五组中:DYS460对应8,9,10,11,12,13,14;DYS458对应 12,14,15,16,17,18,18.2,19,20,21,22;DYS437对应13,14,15,16;DYS439对应9,10,11,12,13,14,15;DYS385a/b对应9,10,11,12,13,14,15,16,17,19,20,21,22,24;DYF387S1a/b对应33,34,35,36,37,38,39,40;DYS643对应6,8,9,10,11,12,13,14,16,17。
本发明还提供了上述方案所述的引物组或者所述试剂盒在个体识别、DNA数据库建设、家系排查或亲缘关系鉴定中的应用。
优选的,所述应用包括以下步骤:
将待检测样品放入含有上述方案所述引物组的扩增体系中,进行PCR扩增,得到扩增产物,对所述扩增产物进行检测;
当所述待检测样品为原始人体样品时,所述PCR扩增的扩增体系以10μL计,包括:2μl 所述引物组的混合物、4μlPCR反应预混液和4μl去离子水;
当所述待检样品为人基因组DNA时,所述PCR扩增的扩增体系以10μL计,包括:1μl人基因组DNA、2μl所述引物组的混合物、4μlPCR反应预混液和3μl去离子水;
所述PCR扩增的扩增程序为:95℃、5min;94℃、10sec,59℃、90sec,71℃、50sec,28循环;60℃、30min。
本发明的有益效果:本发明提供了一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组,所述44 个Y-STR基因座包括41个Y染色体STR基因座和3个Y-indel基因座;本发明所述44个Y-STR基因座与市场主流试剂盒的基因座具有一定兼容性,能够与已有DNA数据进行共享与交流。本发明所述44个Y-STR基因座包含了20个Y-STR核心基因座、15个优选Y-STR基因座和9个备选 Y-STR基因座,包含了目前市面上主流试剂盒的所有位点基因座。同时本发明还包含了3个 Y-indel基因座,可以有效的预防由于Y染色体缺失导致的性别鉴定错误的风险。44个基因座联合起来,提供了更多信息量,具有高个体识别力、高非父排除率的特征,可运用于亲子鉴定、个体识别和人类学等研究领域。本发明的引物组能够实现快速扩增,且扩增特异性强,无非特异性扩增,同时各条引物之间不互相产生干扰,不形成引物二聚体。引物长度皆在18~32bp之间,TM值在60℃左右,且每对引物均具有很高的特异性,所有44对引物之间均无相互作用,使得44个基因座对应的引物可以兼容于一个单管中。总体扩增产物长度在70~530bp之间。经过扩增反应,每个基因座均能得到特异性的1~2条扩增带,无非特异性扩增峰及引物峰等其他杂峰。本发明的引物组还具有灵敏度高的优势,同时可适用于各种检材的常染色体STR扩增检测,可以满足当前身份鉴定、DNA数据库建设、亲缘关系鉴定的多功能STR身份鉴定需求。
附图说明
图1为阳性对照DNA9948基因分型图;
图2为等位基因阶梯分型图;
图3为分子量内标BTY-550图谱;
图4为疑似子基因分型图;
图5为疑似父基因分型图;
图6为血卡检材基因分型图;
图7为提取DNA检材基因分型图。
具体实施方式
本发明提供了一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组,所述44个Y-STR基因座包括41个Y染色体STR基因座和3个Y-indel基因座;所述41个Y染色体STR基因座分别为:DYS576,DYS392,DYS481,DYS549,DYS596,DYS627,DYF404S1a/b,DYS393,DYS391, DYS390,DYS448,DYS449,DYS570,DYS593,DYF456,DYS19,Y_GATA_H4,DYS533, DYS527,DYS557,DYS437,DYS522,DYS438,DYS389I,DYS635,DYS389II,DYS447, DYS518,DYS388,DYS645,DYS460,DYS458,DYS437,DYS439,DYS385a/b,DYF387S1a/b 和DYS643;所述3个Y-indel基因座分别为:rs759551978,rs2032678和rs771783753;
用于扩增rs759551978的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示;用于扩增rs2032678的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO: 3所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示;用于扩增DYS576的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示;用于扩增DYS392 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:8所示;用于扩增DYS481的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:9所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示;用于扩增DYS549的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:11所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示;用于扩增DYS596的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:14所示;用于扩增DYS627 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:15所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:16 所示;用于扩增DYF404S1a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:17所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:18所示;用于扩增rs771783753的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:19所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:20所示;用于扩增DYS393的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:21所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:22所示;用于扩增3DYS391的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:23所示,下游引物的核苷酸序列如 SEQ IDNO:24所示;用于扩增DYS390的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:25所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:26所示;用于扩增DYS448的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:27所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:28所示;用于扩增DYS449 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:29所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:30 所示;用于扩增DYS570的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:31所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:32所示;用于扩增DYS593的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 33所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:34所示;用于扩增DYS456的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:35所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:36所示;用于扩增 DYS19的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:37所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 38所示;用于扩增Y_GATA_H4的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:39所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:40所示;用于扩增DYS533的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:41所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:42所示;用于扩增DYS527的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:43所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:44所示;用于扩增DYS557的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:45所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:46所示;用于扩增DYS437的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:47所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:48所示;用于扩增DYS522的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:49所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:50所示;用于扩增DYS438的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:51所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:52所示;用于扩增DYS389I的上游引物的核苷酸序列如SEQID NO:53所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:54所示;用于扩增DYS635的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:55所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:56所示;用于扩增3DYS389II的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:57所示,下游引物的核苷酸序列如SEQID NO:58所示;用于扩增DYS447 的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:59所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:60 所示;用于扩增DYS518的上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:61所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:62所示;用于扩增DYS388的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO: 63所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:64所示;用于扩增DYS645的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:65所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:66所示;用于扩增 DYS460的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:67所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:68所示;用于扩增DYS458的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:69所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:70所示;用于扩增DYS437的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:71所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:72所示;用于扩增DYS439的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:73所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:74所示;用于扩增DYS385a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:75所示,下游引物的核苷酸序列如 SEQ ID NO:76所示;用于扩增DYS387S1a/b的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:77所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:78所示;用于扩增DYS643的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:79所示,下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:80所示。
本发明检测的44个基因座包含:41个Y染色体STR基因座分别是:DYS576,DYS392,DYS481,DYS549,DYS596,DYS627,DYF404S1a/b,DYS393,DYS391,DYS390,DYS448, DYS449,DYS570,DYS593,DYS456,DYS19,Y_GATA_H4,DYS533,DYS527,DYS557, DYS444,DYS522,DYS438,DYS389I,DYS635,DYS389II,DYS447,DYS518,DYS388, DYS645,DYS460,DYS458,DYS437,DYS439,DYS385a/b,DYF387S1a/b,DYS643,3个 Y-indel基因座rs759551978,rs2032678,rs771783753;本发明的引物组中包含44对引物,分别对应本发明中涉及的44个基因座。针对44个基因座,设计了44对引物,引物长度在 18bp-30bp之间,TM值在60℃左右,且每对引物均具有很高的特异性,所有44对引物之间均无相互作用,使得44个基因座对应的引物可以兼容于一个单管中。总体扩增产物长度在 70~520bp之间。经过扩增反应,每个基因座均能得到特异性的1~2条扩增带,无非特异性扩增峰及引物峰等其他杂峰。
本发明所述44个Y-STR基因座包含了20个核心基因座,以及15个优选基因座,包含了目前市面上主流试剂盒的所有位点基因座。同时本发明还包含了1个Y-indel基因座,和9个备选基因座,可以有效的预防由于Y染色体缺失导致的性别鉴定错误的风险。44个基因座联合起来,提供了更多信息量,具有高个体识别力、高非父排除率的特征,可运用于亲子鉴定、个体识别和人类学等研究领域。本发明引物组中的Y-STR基因座与市面主流试剂盒位点对比参见表1。
表1本发明引物组中的Y-STR基因座与市面主流试剂盒位点对比参见表1。
在本发明中,所述引物组的扩增均衡性全面超越《GB/T 37226-2018法庭科学人类荧光标记STR复合扩增检测试剂质量基本要求》中所述标准(同一颜色组内≥50%、不同颜色组间≥30)。
在本发明中,所述44个Y-STR基因座优选的分为五组,其中,第一组包括:rs759551978, rs2032678,DYS576,DYS392,DYS481,DYS549,DYS596,DYS627和DYF404S1a/b;第二组包括:rs771783753,DYS393,DYS391,DYS390,DYS448,DYS449,DYS570和DYS593;第三组包括:DYS456,DYS19,Y_GATA_H4,DYS533,DYS527,DYS557,DYS437和DYS522;第四组包括:DYS438,DYS389I,DYS635,DYS389II,DYS447,DYS518,DYS388和DYS645;第五组包括:DYS460,DYS458,DYS437,DYS439,DYS385a/b,DYF387S1a/b和DYS643;所述第一组到第五组STR基因座的引物采用的荧光染料彼此不同。
在本发明中,所述第一组采用的荧光染料优选为FAM;所述第二组采用的荧光染料优选为HEX;所述第三组采用的荧光染料优选为TAMAR;所述第四组采用的荧光染料优选为ROX;所述第五组采用的荧光染料优选为PURPLE;ORG用于内标。本发明采用六色荧光标记系统,分别是FAM、HEX、TAMAR、ROX、PURPLE、ORG。其中FAM代表蓝色,HEX代表绿色, TAMAR代表黄色,ROX代表红色,PURPLE代表紫色,ORG代表橙色。本发明能够在一个反应中可以同时扩增44个基因座,充分满足了目前DNA数据库对比的兼容性。
在本发明中,每个所述Y-STR基因座的上游引物和/或下游引物的5’端通过荧光染料进行标记。本发明应用荧光标记的方法在引物的5’端标记一个荧光染料,PCR产物在激光激发状态下,可以发射特定波长的光信号,通过遗传分析仪(ABI3130\ABI3500\ABI3730系列一传一) 进行电泳检测可以收集到光信号,通过收集的光信号进行检测。
本发明还提供了一种包括上述方案所述引物组的试剂盒。
在本发明中,所述试剂盒优选的还包括PCR反应预混液和去离子水。在本发明中,所述试剂盒优选的还包括阳性对照DNA9948。在本发明中,引物组、PCR反应预混液和去离子水组成了试剂盒的反应体系。
在本发明中,所述引物组中,SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示引物的浓度独立优选为0.37~0.47μM,进一步优选为0.417μM;SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示引物的浓度独立优选为0.04~0.14μM,进一步优选为0.092μM;SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示引物的浓度独立优选为0.03~0.13μM,进一步优选为0.079μM;SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8 所示引物的浓度独立优选为0.25~0.35μM,进一步优选为0.296μM;SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10所示引物的浓度独立优选为0.08~0.19μM,进一步优选为0.136μM;SEQ ID NO:11 和SEQID NO:12所示引物的浓度独立优选为0.33~0.43μM,进一步优选为0.382μM;SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示引物的浓度独立优选为0.1~0.2μM,进一步优选为0.146μM; SEQ IDNO:15和SEQ ID NO:16所示引物的浓度独立优选为0.31~0.41μM,进一步优选为 0.356μM;SEQ ID NO:17和SEQ ID NO:18所示引物的浓度独立优选为0.11~0.21μM,进一步优选为0.159μM;SEQ ID NO:19和SEQ ID NO:20所示引物的浓度独立优选为0.05~0.15μM,进一步优选为0.098μM;SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22所示引物的浓度独立优选为 0.13~0.22μM,进一步优选为0.184μM;SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:24所示引物的浓度独立优选为0.22~0.32μM,进一步优选为0.268μM;SEQ ID NO:25和SEQ ID NO:26所示引物的浓度独立优选为0.12~0.21μM,进一步优选为0.066μM;SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28 所示引物的浓度独立优选为0.05~0.13μM,进一步优选为0.083μM;SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30所示引物的浓度独立优选为0.26~0.36μM,进一步优选为0.314μM;SEQ ID NO:31 和SEQ ID NO:32所示引物的浓度独立优选为0.23~0.32μM,进一步优选为0.277μM;SEQ ID NO:33和SEQ IDNO:34所示引物的浓度独立优选为0.33~0.42μM,进一步优选为0.378μM; SEQ ID NO:35和SEQ ID NO:36所示引物的浓度独立优选为0.04~0.12μM,进一步优选为 0.08μM;SEQ IDNO:37和SEQ ID NO:38所示引物的浓度独立优选为0.16~0.21μM,进一步优选为0.107μM;SEQ ID NO:39和SEQ ID NO:40所示引物的浓度独立优选为0.07~0.15μM,进一步优选为0.103μM;SEQ ID NO:41和SEQ ID NO:42所示引物的浓度独立优选为 0.12~0.18μM,进一步优选为0.166μM;SEQ ID NO:43和SEQ ID NO:44所示引物的浓度独立优选为0.05~0.14μM,进一步优选为0.082μM;SEQ ID NO:45和SEQ ID NO:46所示引物的浓度独立优选为0.04~0.13μM,进一步优选为0.086μM;SEQ ID NO:47和SEQ ID NO:48 所示引物的浓度独立优选为0.08~0.17μM,进一步优选为0.128μM;SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50所示引物的浓度独立优选为0.1~0.2μM,进一步优选为0.16μM;SEQ ID NO:51和 SEQ ID NO:52所示引物的浓度独立优选为0.33~0.41μM,进一步优选为0.372μM;SEQ ID NO: 53和SEQ ID NO:54所示引物的浓度独立优选为0.267~0.32μM,进一步优选为0.725μM;SEQ ID NO:55和SEQ IDNO:56所示引物的浓度独立优选为0.04~0.14μM,进一步优选为0.084μM; SEQ ID NO:57和SEQ ID NO:58所示引物的浓度独立优选为0.03~0.1μM,进一步优选为 0.046μM;SEQ IDNO:59和SEQ ID NO:60所示引物的浓度独立优选为0.38~0.48μM,进一步优选为0.426μM;SEQ ID NO:61和SEQ ID NO:62所示引物的浓度独立优选为0.1~0.19μM,进一步优选为0.149μM;SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64所示引物的浓度独立优选为 0.34~0.42μM,进一步优选为0.388μM;SEQ ID NO:65和SEQ ID NO:66所示引物的浓度独立优选为0.35~0.45μM,进一步优选为0.402μM;SEQ ID NO:67和SEQ ID NO:68所示引物的浓度独立优选为0.18~0.25μM,进一步优选为0.204μM;SEQ ID NO:69和SEQ ID NO:70 所示引物的浓度独立优选为0.16~0.25μM,进一步优选为0.203μM;SEQ ID NO:71和SEQ ID NO:72所示引物的浓度独立优选为0.04~0.08μM,进一步优选为0.054μM;SEQ ID NO:73 和SEQ ID NO:74所示引物的浓度独立优选为0.07~0.12μM,进一步优选为0.098μM;SEQ ID NO:75和SEQ ID NO:76所示引物的浓度独立优选为0.09~0.18μM,进一步优选为0.131μM; SEQ ID NO:77和SEQID NO:78所示引物的浓度独立优选为0.03~0.12μM,进一步优选为0.077μM;SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80所示引物的浓度独立优选为0.14~0.23μM,进一步优选为0.185μM。
在本发明中,所述PCR反应预混液中优选的包括热启动DNA聚合酶、dNTP、镁离子、钾离子、Tris缓冲液及增强剂;所述PCR反应预混液以去离子水为溶剂,优选的包括以下浓度的组分:0.19~0.38U/μl的热启动Taq DNA聚合酶、100~200mM的Tris缓冲液、100~200mM 的KCL、3.75~7.5mM的MgCl
表2本发明实施例的PCR反应预混液配方
表2中的H
在本发明中,所述PCR反应预混液具有快速、灵敏度高、适应性强等特点,并且PCR反应预混液可以在-20℃条件下不结冰,可以有效的防止冻融对试剂性能的影响。本发明的PCR 反应预混液灵敏度高达0.03ngDNA,有效扩增时间降低到1.5h以内,并且对不同来源(血液、血痕、精液、精斑、唾液、唾液斑、毛发、组织、指甲、体液等)的DNA均具有优良的扩增效果,同时对特种血卡、唾液卡、FTA卡也有非常好的扩增效果。
在本发明中,所述阳性对照DNA9948作为扩增标准品,用来检验扩增体系质量好坏。在本发明优选方案中,阳性对照均可以得到正确分型,灵敏度高达0.03ng,远低于标准的0.125ng。本发明扩增的9948分形图见图1和表3。
表3 9948的基因分型
在本发明中,所述试剂盒优选的还包括分子量内标和等位基因阶梯。在本发明中,所述分子量内标和等位基因阶梯为所述试剂盒的检测试剂。在本发明中,所述等位基因阶梯和所述Y 染色体STR基因座的对应关系具体参见表4。
表4等位基因阶梯和所述Y染色体STR基因座的对应关系
在本发明中,所述等位基因阶梯囊括了各个基因座最常见的所有等位基因及绝大多数的稀有等位基因,非常方便数据分析和基因分型结果的比对。
在本发明中,所述分子量内标为BTY-550;所述BTY-550包含的DNA片段有:65、75、100、139、150、160、200、250、300、340、400、450、490、500、540和550。在本发明中,所述分子量内标标记有荧光染料ORG,代表橙色。本发明的分子量内标能够有效的区分 65~550bp的DNA片段的大小。
本发明具体实施过程中,所述试剂盒共包括两部分,第一部分为反应体系,包含引物组、反应预混液、阳性对照DNA9948、去离子水;第二部分为检测试剂,包括分子量内标和等位基因阶梯。
本发明还提供了上述方案所述的引物组和所述的试剂盒在个体识别、DNA数据库建设、家系排查或亲缘关系鉴定中的应用。
在本发明中,所述应用优选的包括以下步骤:
将待检测样品放入含有上述方案所述引物组的扩增体系中,进行PCR扩增,得到扩增产物,对所述扩增产物进行检测;
当所述待检测样品为原始人体样品时,所述PCR扩增的扩增体系以10μL计,包括:2μl 所述引物组的混合物、4μlPCR反应预混液和4μl去离子水;
当所述待检样品为人基因组DNA时,所述PCR扩增的扩增体系以10μL计,包括:1μl人基因组DNA、2μl所述引物组的混合物、4μlPCR反应预混液和3μl去离子水;
所述PCR扩增的扩增程序为:95℃、5min;94℃、10sec,59℃、90sec,71℃、50sec,28循环;60℃、30min。
在本发明中,所述待检测样品优选的包括人的血液、血痕、精液、精斑、唾液、唾液斑、毛发、组织、指甲或体液。
在本发明中,所述PCR扩增的标准扩增体系以25μl计,包括5μl引物组的混合物、10μl PCR 反应预混液、7.5μl去离子水和2.5μl阳性对照DNA9948。所述标准扩增体系的扩增程序如表 5所示。
表5标准扩增体系的扩增程序
本发明对所述扩增产物进行检测的方法优选的包括:对所述扩增产物进行电泳检测;所述电泳检测的设备优选为ABI 3500XL;本发明具体实施过程中,将HiDi甲酰胺、分子量内标 BTY-550、PCR扩增产物或等位基因阶梯44Y混合,得到混合物;以HiDi甲酰胺的体积为8.5μl 计,分子量内标BTY-5500.5μl、PCR扩增产物或等位基因阶梯44Y 1μl;将所述混合物分装进 96孔板后,离心,去掉气泡,将96孔板放进上样托盘,然后放进3500xl遗传分析仪,进样电压为1.8kVolts,进样时间24sec,之后开始电泳。
本发明在所述电泳后,优选的还包括在GeneMapper_IDX软件上分析电泳结果。阳性对照9948分型图见图1,等位基因阶梯图见图2;分子量内标BTY-550见图3。
下面将结合本发明中的实施例,对本发明中的技术方案进行清楚、完整地描述。显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1
对来自疑似父子的两份头发进行直接复合扩增,检测44个基因座。扩增方法采用直接扩增的方法:取一段带有毛囊的头发,直接放入扩增体系中,使毛囊完全浸入液体以内,扩增程序采用本发明标准扩增程序,扩增仪器采用ABI Proflex PCR仪,遗传分析仪采用3500xl遗传分析仪,分析软件采用GeneMapper-ID-X分析软件。本实施例操作步骤如下:
①用剪刀在头发毛囊上方0.5cm处剪短,将剪短的带有毛囊的头发放入200μlPCR管中。
②根据本发明的标准反应体系配制10μl扩增体系:2μl引物混合物、4μl反应预混液、4μl 去离子水,加入带有剪好头发的PCR管中。在ABI Proflex PCR仪上进行PCR扩增,扩增程序为:95℃、5min;94℃、10sec,59℃、90sec,71℃、50sec,28循环;60℃、30min;15℃恒温保存。
③遗传分析仪检测并进行数据分析
PCR扩增结束后,将扩增产物在ABI 3500XL进行检测。8.5μl HiDi甲酰胺+0.5μl分子量内标BTY-550+1μl PCR产物/1μl等位基因阶梯44Y;分装进96孔板后,离心,去掉气泡,将96孔板放进上样托盘,然后放进3500xl遗传分析仪,进样电压为1.8kVolts,进样时间24sec,之后开始电泳。
④电泳结束后在GeneMapper_IDX软件上进行分析,见图4:疑似子基因分形图;图5:疑似父基因分型图;疑似父、子基因分型结果见表6。
表6:疑似父子基因分型
利用本发明对获得的44个基因座的基因分型进行分析比对,可以发现疑似父子的44个基因座基因信息均符合遗传规律,至少可以判定为同一直系家系关系。
实施例2
本发明主要用于DNA数据库的建设及身份鉴定。
操作的详细部分如下:
①已知人员检材通常为血卡,可以直接扩增。使用直径1mm的打孔器,直接在干燥血卡上打取直径1mm血片,放入200μlPCR管中。
②未知人员通常为案件现场检材,检材复杂,通常采用先提取DNA,后扩增的方法进行数据的检测分析。DNA通过Chelex-100和磁珠法进行DNA的提取。(提取方法参照郑秀芬《法医DNA分析》第四章DNA提取)。
③反应体系的配制及扩增,参照本发明标准体系配制10μl反应体系,见下表7。在ABI Proflex PCR仪上进行PCR扩增,扩增程序为:95℃、5min;94℃、10sec,59℃、90sec,71℃、 50sec,28循环;60℃、30min;15℃恒温保存。
表7:本实施例的反应体系
④遗传分析仪检测并进行数据分析
PCR扩增结束后,将扩增产物在ABI 3500xl上进行检测。8.5μl HiDi甲酰胺+0.5μl分子量内标BTY-550+1μl PCR产物/1μl等位基因阶梯44Y;分装进96孔板后,离心,去掉气泡,将96孔板放进上样托盘,然后放进3500xl遗传分析仪,进样电压为1.8kVolts,进样时间24sec,之后开始电泳。
电泳结束后在GeneMapper_IDX软件上进行分析,分析完成后将分析的数据导出CODIS格式文件,然后将导出的数据上传DNA数据库。图6为血卡检材分型图,图7为 DNA提取检材分型图。由图6和图7可以看出,本发明对直扩样本及提取DNA样本进行检测,所得结果正确无误,图形均衡性好,完全可以满足日常应用。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 百特元生物科技(北京)有限公司
<120> 一种同时扩增人44个Y-STR基因座的引物组、试剂盒及其应用
<160> 80
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aattgacagt tatcagtttg aaattatt 28
<210> 2
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ctccagtgat ttaaactctc tgaatca 27
<210> 3
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
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<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
atcattaaac ctaccaatcc cattc 25
<210> 5
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gtcttggcat acttaacaat tcatt 25
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
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<211> 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tgctggttga ggctaaggca ga 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cgtcttctac ttgtgtcaat acag 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
tctattcatt caatcataca ccc 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctctcaagcc tgttctatga atat 24
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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aggttaagga gagtgtcact atatct 26
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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gtcaagctct ttcactgaca tgagtt 26
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agaaatacaa acacaatgtg acctc 25
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<212> DNA
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acccgtttga gcagagaccc ag 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gttgttcaag ggtcaacttt atc 23
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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ataggaatga cacaataaac ttttgg 26
机译: 一对人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)扩增子核酸的引物,引物组,用于检测所述核酸的试剂盒和扩增过程 u00c7 u00c3o。
机译: SNP(单核苷酸多态性)牦牛全基因组基因座的应用,引物组检测和试剂盒
机译: Ya牛全基因组SNP(单核苷酸多态性)基因座,引物组在检测和试剂盒中的应用