一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记及其检测方法和应用

摘要

本发明公开了一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记及其检测方法和应用，本发明的一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记，所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利等位基因的长大二元母猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留长大二元母猪DIS3L2基因位点含有A等位基因的个体作为种畜，可以提高长大二元母猪后代的总胎次产仔数。

说明书

技术领域

本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及一种以DIS3L2(DIS3 mitoticcontrol homolog(S.cerevisiae)-like 2)基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记。

背景技术

我国是传统的养猪及猪肉消费大国，养猪业在我国畜牧业中占有极为重要的地位，积极合理提高母猪产仔数能够为人们提供更多仔猪，可以奠定养猪业高产稳产基础，为人们提供更多肉制品，尤其值得关注和研究。在我国规模化商品猪场中，绝大多数基础母猪群为长大二元母猪，在因此，发掘及筛选长大二元母猪高产仔数相关的基因及分子标记，对于我国积极用这些基因或分子标记促进我国养猪生产具有重要的意义。目前市场上还未见关于利用猪DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记，进行长大的二元母猪产仔数标记辅助选育的报道。

发明内容

本发明的目的在于针对长大二元母猪现有标记辅助选育技术的不足，提供一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记及其检测方法和应用，采用上述技术方案后，可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利等位基因的长大二元母猪，从而可以达到较好的选择效果，提高长大的二元母猪产仔数。

为实现上述目的，本发明采用以下技术方案是：本发明的一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记，所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，所述的核苷酸序列中的N是c或a，导致PCR-TaqI-RFLP基因型多态性和多态性。

进一步地，所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第一引物，所述的第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。

进一步地，所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第二引物，所述的第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本发明的一种所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的检测方法，包括如下步骤：

(1)从猪耳组织中提取基因组DNA，根据猪DIS3L2基因序列和所述的两条遗传标记特异引物，用该两条引物在猪基因组DNA中进行PCR扩增，得到PCR产物；

(2)将步骤(1)中得到的PCR产物用限制性内切酶TaqI酶切，在2％的含有溴化乙锭的琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，凝胶成像系统观察并记录基因型；根据条带差异，可分为三种基因型，具有228bp、176bp两条带的是AA型，只有404bp一条带的是CC型，同时具有404bp、228bp、176bp三条带的是AC型。

进一步地，在步骤(1)中，所述的PCR程序为：94℃4min，35个循环94℃50s，57℃45s，72℃50s，然后72℃10min，最后4℃终止反应，PCR反应体系：2.0μL DNA(100ng)，2.5μL2mM mixed dNTPs，2.5μL 10×Taq DNA polymerase buffer，2.5μL 25mM MgCl

进一步地，在步骤(2)中，所述的PCR产物TaqI酶切反应体系为：10μL PCR产物，7μL无菌水，1μL Taq I(10U),2μL10×buffer。PCR产物TaqI酶切反应条件为：混合物在水浴锅65℃恒温加热4h。

本发明所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记在长大的二元母猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。

有益效果：本发明可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利等位基因的长大二元母猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留长大二元母猪DIS3L2基因位点含有A等位基因的个体作为种畜，可以提高长大二元母猪后代的总胎次产仔数。

附图说明

为了更清楚地说明本发明使用的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。

图1为本发明的猪DIS3L2基因mRNA2146-bp处C-A突变的示意图；

图2为本发明的猪DIS3L2基因PCR-TaqI-RFLP分型检测结果的示意图。

附图说明：图2中：M为DL2000分子标志；AA基因型的片段大小分别为228bp、176bp；AC基因型的片段大小分别为404bp、228bp、176bp；CC基因型的片段大小为404bp。

具体实施方式

下面结合附图对本发明内容作进一步详细说明。

本发明的附图和实施例，是对本发明的具体实施方式进行更加详细地说明，以便能够更好地理解本发明的方案以及其各个方面的优点，而不是对本发明的限制。

实施例1

如图1-图2所示，本发明的一种以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记，所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的核苷酸序列如SEQ IDNo.1所示，所述的核苷酸序列中的N是c或a，导致PCR-TaqI-RFLP基因型多态性和多态性。SEQ ID No.1：

tgacctttcctccccagagcagggtctcagatgacgagcgggggacaagggccccagaacctcgccccgagcctgactgcataccccttgggcttgcttctagaaaagtctgaccgaaacatttggagatgacaagtactccctggcgcgcaaggaggtgctcactaacatgtgctcgNggcccatgcaggtgaggaagccgccctcgcccctcctgctcctggagcagccggggcccctgcgcctcagccagcctgagggcagtctgggggagcatgtccccaggccactcccgggacagatggtccctgggctcctgagcctcatcccctcctcctgctcagacttgcctgccccgctgcccccctgcatggccgctggggctctatctctggcagccagca；

所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第一引物，所述的第一引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。

所述的SEQ ID No.2为5′-TGACCTTTCCTCCCCAGA-3′，

所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的PCR扩增的特异引物包含第二引物，所述的第二引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

所述的SEQ ID No.3为5′-TGCTGGCTGCCAGAGATA-3′。

本发明的一种所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记的检测方法，包括如下步骤：

(1)从猪耳组织中提取基因组DNA，根据猪DIS3L2基因序列和所述的两条遗传标记特异引物，用该两条引物在猪基因组DNA中进行PCR扩增，得到PCR产物；所述的PCR程序为：94℃4min，35个循环94℃50s，57℃45s，72℃50s，然后72℃10min，最后4℃终止反应。PCR反应体系：2.0μL DNA(100ng)，2.5μL 2mM mixed dNTPs，2.5μL 10×Taq DNA polymerasebuffer，2.5μL 25mM MgCl

(2)将步骤(1)中得到的PCR产物用限制性内切酶TaqI酶切，在2％的含有溴化乙锭的琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果，凝胶成像系统观察并记录基因型；根据条带差异，可分为三种基因型，具有228bp、176bp两条带的是AA型，只有404bp一条带的是CC型，同时具有404bp、228bp、176bp三条带的是AC型。所述的PCR产物TaqI酶切反应体系为：10μL PCR产物，7μL无菌水，1μL Taq I(10U),2μL10×buffer。PCR产物TaqI酶切反应条件为：混合物在水浴锅65℃恒温加热4h。

本发明所述的以DIS3L2基因作为长大的二元母猪产仔数的遗传标记在长大的二元母猪产仔数性状标记辅助选择中的应用。

试验例1

通过上述方法制备的遗传标记应用于长大的二元母猪产仔数的关联选择：

为了确定DIS3L2基因PCR-TaqI-RFLP多态性位点与长大的二元母猪产仔数差异是否相关，选择200头7胎龄的长大二元母猪为试验材料，采用上述步骤一、二建立的PCR-TaqI-RFLP方法进行多态性检测，并分析猪不同基因型与活产仔数的相关关系。采用SAS统计软件GLM程序进行单标记方差分析并进行显著性检验，所采用模型为：Y

表1

注：以上数值为最小二乘均值±标准误；肩注大写字母表示差异水平差异极显著(P<0.01)。

由表1可以看出，在长大二元母猪中，基因型AA及AC个体的总胎次产仔数和总胎次活仔数极显著高于CC基因型个体(P<0.01)。通过选留DIS3L2基因位点含有A等位基因的长大二元母猪个体作为种畜，可以提高其总胎次产仔数和总胎次活仔数。

采用上述技术方案后，本发明有益效果为：可以用于开发成诊断方法或试剂盒，从而在育种计划中利用这些方法来选择携带有利等位基因的猪，从而可以达到较好的选择效果；通过选留长大二元母猪DIS3L2基因位点含有A等位基因的个体作为种畜，可以提高长大二元母猪的总胎次产仔数和总胎次活仔数。

以上显示和描述了本发明的基本原理、主要特征和本发明的优点。本行业的技术人员应该了解，本发明不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本发明的原理，在不脱离本发明精神和范围的前提下，本发明还会有各种变化和改进，本发明要求保护范围由所附的权利要求书、说明书及其等效物界定。

序列表

<110> 海南罗牛山种猪育种有限公司

<120> 一种以DIS3L2基因作为长大二元母猪产仔数的遗传标记及其检测方法

<130> 2019

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<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 404

<212> DNA

<213> 人工序列(遗传标记核苷酸序列)

<220>

<221> misc_feature

<222> (179)..(179)

<223> n is a, c, g, t or u

<400> 1

tgacctttcc tccccagagc agggtctcag atgacgagcg ggggacaagg gccccagaac 60

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gcccccctgc atggccgctg gggctctatc tctggcagcc agca 404

<210> 2

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(引物序列1)

<400> 2

tgacctttcc tccccaga 18

<210> 3

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(引物序列2)

<400> 3

tgctggctgc cagagata 18