从fastq文件分离出样本read数据的优化方法

摘要

本发明的实施例提供了一种从fastq文件分离出样本read数据的优化方法，包括通过并发加载包含多个样本的fastq文件，构造read数据并输出；解析出barcode对，识别所述read数据的所属样本，并将所述read数据插入其所属样本的read缓存；将所述read缓存中的read数据写入对应样本的输出fastq文件中。以此方式，利用并行的工作方式，多个线程同时协同作用，提升了作业效率；同时采用优化定义的read存储结构，减少了每条read数据在其生命期内的字符串拷贝和重串联的次数；应用read缓存技术，极大减少了系统锁的调用次数，以及对线程安全队列和文件系统写数据接口的操作次数，降低操作系统负载，达到快速从fastq文件中分离出样本read数据的目的。