对带假结的RNA二级结构预测进行硬件加速的方法

摘要

本发明公开了一种对基于四维动态规划方法的带假结的RNA二级结构预测进行加速的方法，目的是加快带假结的RNA二级结构预测的速度。技术方案是先构建由主机和可重构算法加速器组成的异构计算系统，接着主机将格式化后的热力学模型参数和编码后的RNA序列发送至可重构算法加速器，算法加速器的七个计算模块采用MPMD方式执行无回溯的PKNOTS算法计算。计算中采用“矩阵降维”方法将四维矩阵分解为N个三维矩阵，然后采用“逐层按区域轮转分割”和“区域内按列并行处理”的任务划分策略实现细粒度并行计算。每一个计算模块内部的n个PE采用SPMD方式同时计算位于区域内不同列的n个数据。本发明实现了对带假结的RNA序列二级结构预测应用加速，技术新、性能高、成本低。