公开/公告号CN104611405A
专利类型发明专利
公开/公告日2015-05-13
原文格式PDF
申请/专利权人 江苏默乐生物科技有限公司;
申请/专利号CN201310541289.3
发明设计人 孙益乐;
申请日2013-11-04
分类号C12Q1/68;
代理机构
代理人
地址 225300 江苏省泰州市海陵区中国医药城药城大道1号R19楼
入库时间 2023-12-17 04:48:46
法律状态公告日
法律状态信息
法律状态
2018-09-18
授权
授权
2017-05-10
著录事项变更 IPC(主分类):C12Q1/68 变更前: 变更后: 申请日:20131104
著录事项变更
2015-06-10
实质审查的生效 IPC(主分类):C12Q1/68 申请日:20131104
实质审查的生效
2015-05-13
公开
公开
技术领域:
本发明涉及一种用于诊断K-ras基因12和13密码子突变检测的方法,该方法可以检测患者体内分离出的DNA样本中K-ras基因是否存在某个特定的核苷酸变异。属于生命科学和技术领域。
背景技术:
k-ras是一种原癌基因,长约35kb,位于12号染色体,是RAS基因家族成员之一,编码K-ras蛋白。与肿瘤的生成,增值,迁移,扩散以及血管生成均有关系。Ras基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种——H-ras、K-ras和N-ras,分别定位在11、12和1号染色体上。K-ras基因因编码21kD的ras蛋白又名p21基因。在ras基因中,K-ras对人类癌症影响最大,它好像分子开关:当正常时能控制调控细胞生长的路径;发生异常时,则导致细胞持续生长,并阻止细胞自我毁灭。它参与细胞内的信号传递,当K-ras基因突变时,该基因永久活化,不能产生正常的ras蛋白,使细胞内信号传导紊乱,细胞增殖失控而癌变。K-ras基因突变发生在肿瘤的早期,并且原发灶和转移灶的K-ras基因高度保持一致,K-ras基因状态不会因治疗而发生变化。这些突变破坏了K-ras蛋白内在的GTPase活性,从而使得K-ras蛋白处于持续活性状,信号传递持续开放,从而自发的刺激细胞不断生长和分化,最终导致细胞癌变。K-ras基因突变检测,具有重大的临床意义:(1)正常人血检中出现K-ras基因异常,提示属于肿瘤高危人群;(2)良性肿瘤患者若是检出Kras基因突变,提示有恶变的可能;(3)大量多中心多期临床试验表明,靶向新药爱必妥(Erbitux,西妥昔单抗)和帕尼单抗(Panitumumab)仅适用于无突变的K-ras基因野生型患者,对K-ras突变患者无效。
K-ras基因在多种肿瘤中发生了突变,其发生率在结直肠癌约为40%,胰腺癌为90%以上,肺癌约为15%。K-ras基因突变主要集中发生在第2外显子的12和13密码子(≥90%)。常见突变位点为K-ras基因2号外显子的12号密码子和13号密码子上,3号外显子的61号密码子,其中有7个突变热点:G12C、G12R、G12S、G12V、G12D、G12A、G13V/D这7种突变占到了90%以上。
用于K-ras基因突变检测的方法很多,包括如DNA直接测序、焦磷酸测序(Pyrosequencing)、变性高效液相色谱法(HDPLC)、高分辨率溶解曲线技术(HRM)、限制小片段长度多态性分析法(RFLP)等。其中DNA直接测序为突变检测的金标准。该方法存在以下缺点:检测的敏感性不够高:如果突变基因的含量占基因组DNA总量的10%以下时,则用 直接测序法检测不到突变样本的存在;费时,操作过程复杂,对操作人员要求高;非闭管操作,涉及到PCR扩增后的操作,因此易被污染,造成结果的不理想;测序结果的判读主观性强;一次实验检测的样本量有限,最多只能8-24例。因此直接测序法难以在临床普遍开展。本试剂盒采用引物增敏的扩增阻碍突变系统(amplification refractory mutation system,ARMS)结合荧光PCR技术,针对K-ras基因突变区特异性扩增相应突变模板DNA。检测敏感性高,与突变检测“金标准”直接测序的结果符合率≥95%。此外本方法还具有快速,操作简单,闭管反应污染少等优点,适于在临床中普遍开展。
基于上述内容,本方法用于用于人类癌症(主要包括结胰腺癌、直肠癌和肺癌等)组织K-ras基因12和13密码子突变的检测,检测结果可用于肿瘤的个体化分子诊断,进而指导肿瘤患者的临床个体化治疗方案。
发明内容:
已知K-ras基因基因突变主要突变形式为位于K-ras基因12和13密码子突变。临床上需要一种能针对该突变进行检测,尤其是能快速、准确和简便的方法。本方法结合了PCR的高灵敏度和荧光探针的高精确性等优点,具有操作简单,结果直观和无污染的特点。
本方法涉及一种使用特异性探针的检测方法,本方法在同一个PCR反应中进行Kras基因突变的检测,利用荧光定量PCR仪和荧光探针的简便性和高灵敏度读取结果,判读所检测的样本中是否存在K-ras基因12和13密码子突变。
为达到上述目的,采取的技术方案:
1.使用商业化的试剂盒对组织中的DNA进行提取和纯化。
2.根据本方法的特点设计引物和探针,其中探针的处理方法如表1所示。
表1
3.使用的PCR反应程序如表2:
表2
4.根据PCR仪显示的结果,对样本中是否存在K-ras基因12和13密码子突变进行判断。
附图说明:
附图为PCR仪输出的溶解曲线图
具体实施方式:
实施案例:
检测疑似具有K-ras基因12和13密码子突变的肿瘤组织样本。
1.设计合成如表1的引物探针。
表1
2.DNA提取:使用商业化的试剂盒对组织中的DNA进行提取和纯化。
3.扩增
3.1PCR扩增体系
按照以下方法配置PCR反应液。
3.2PCR扩增程序
按照以下方法进行PCR扩增
4.结果分析
参照附图,根据溶解峰的位置,判断样本中是否存在Kras基因12和13密码子突变。例如,如果样本只在FAM通道出现单一峰信号,则表明样本中无Kras基因12密码子突变。如果样本在FAM通道出现双峰或多峰信号,则表明样本中存在Kras基因12密码子突变。
机译: 基于基因治疗DNA矢量GDTT1_8NAS12的基因治疗DNA矢量,携带从一组基因中选择的目标基因DDC,IL10,IL13,IFNB1,TNFRSF4,TNFSF10,BCL2,HGF,IL2可以增加表达水平基因,一种生产和使用其的方法,应变大肠埃希氏菌JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-DDC或大肠埃希氏菌JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-IL10或大肠埃希氏菌JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-IL13或大肠埃希氏菌COLI JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-IL13 IFNB1或ESCHERICHIA COLI JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-TNFRSF4或ESCHERICHIA COLI JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-TNFSF10或ESCHERICHIA COLI JM110-NAS / GDTT1_8NAS12-BCL2或ESCHERICHIA COLI JM110-NAS / GDTT1_8NAS12 IL2,携带基因治疗性DNA载体,其生产方法,工业生产基因治疗性DNA载体的方法
机译: 人类K-RAS密码子12-13突变的诊断测试
机译: 人类K-RAS密码子12-13突变的诊断测试