基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法

摘要

本发明涉及基于可极化力场以及pso优化的蛋白质设计方法，包括以下步骤：通过蛋白质设计模板得到若干个蛋白质；对每一个蛋白质进行如下优化：在4n维空间中连续移动的每一个粒子的子向量在rotamerlib中寻找最近的rotamer；然后用这些找到的rotamer构造一个临时的粒子；计算每个临时粒子的适应度，并根据这些临时粒子的适应度更新局部最优粒子以及邻居最优粒子；并更新所有非临时粒子位置速度；通过比较所有邻居最优粒子的位置得到全局最优位置；用粒子群进行侧链构象组合空间搜索得到优化后的蛋白质。本发明使用了pso处理离散问题，利用了pso高效性，采用可极化力场作为评价的基础；并可以在理论上对蛋白质进行改造进行预测，在理论上进行筛选。