一种高杂合二倍体基因组支架序列组装策略

摘要

本发明适用于生物信息领域，提供了一种高杂合二倍体基因组支架序列组装策略。具体包括：将Reads比对到Contig上得到所需要映射信息Arc和Link；根据Contig的长度和覆盖深度（CoverageDepth）设定阈值，将短的和高覆盖深度的Contig过滤；先由Contig两两间的Arc关系，构建Contig之间的有向连接图，使用寻找泡状结构过滤单路径算法单元对图进行处理；使用Contig之间的Link关系，构建Contig和TempScaffold之间的有向连接图，对图进行线性化处理；在所有插入片段库都被遍历使用后，得到最终的TempScaffold即为最终的Scaffold；根据保存的信息将之前使用Arc信息过滤掉的杂合单路径对应补回，并最终展示在结果中。通过本发明，能够在高杂合二倍体基因组的Scaffold组装中起到至关重要的作用，最终得到符合后续分析要求的结果。