Hohe Vergrosserung und Auflosung sind je nach Anwendung nicht einmal die wichtigsten Vorzuge der digitalen Mikroskopie. Entscheidende Starken sind neben anderen die dreidimensionale Darstellung und der Wegfall des Proben-Praparierens. Die Digital-Mikroskopie entwickelte sich parallel zur Digitalfotografie. Ein aufwandiges optisches Linsensystem bundelt die Lichtstrahlen, die vom betrachteten Objekt reflektiert werden, und sendet sie auf einen CCD-Mikrochip. Im Vergleich zu optischen Mikroskopen bieten Digital-Mikroskope hohe Vergrosserungsfaktoren, sehr grosse Auflosung bei einem sehr schnellen Videobild (bis zu 28 Bilder/s) und grosse Tiefenscharfe. Die Objekte lassen sich direkt betrachten, und umfangreiche dreidimensionale Darstellungen machen diese Vorteile noch wertvoller.
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