高速モチーフ探索を目指したGibbs Sampling法のFPGAによる実装

摘要

遺伝子を構成する複数の塩基配列から，共通のモチーフ（小さな部分配列）を探索することは，バイオインフォマティクス分野で強く求められ，幾つかの手法が提案されている．筆者らは，その手法の一つとしてよく知られたGibbs sampling法のハードウェアによる高速化を目指し，最適なモチーフを検出するための評価値の計算方法を再考した．また，その結果を元に，FPGAに実装する事を試みた．本稿では，そのアーキテクチャの概要を示し，現状を報告する．