СРАВНЕНИЕ ЭФФЕКТИВНОСТИ СВЯЗЫВАНИЯ ФАКТОРОВ ТРАНСКРИПЦИИ С АЛЛЕЛЬНЫМИ ВАРИАНТАМИ РЕГУЛЯТОРНЫХ УЧАСТКОВ ГЕНОВ ЧЕЛОВЕКА МЕТОДАМИ ИММУНОПРЕЦИПИТАЦИИИ ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ

摘要

Изменение эффективности взаимодействия специфических факторов транскрипции с ДНК, обусловленное присутствием однонуклеотидных полиморфизмов, — один из важных механизмов регуляции экспрессии генов человека, влияющий на индивидуальную предрасположенность к различным заболеваниям. Накоплено огромное количество генетических и эпигенетических данных, позволяющих предсказывать функциональные полиморфные варианты, а также факторы транскрипции, на связывание которых они влияют. Тем не менее, в большинстве случаев необходима экспериментальнаяверификация подобных предсказаний. В представленной статье рассмотрен отработанный в нашей лаборатории метод иммунопреципитации ДНК-белковых комплексов in vitro с последующей оценкой количества связавшейся ДНК при помощи ПЦР в реальном времени. Метод не требует химической модификации ДНК-пробы и воспроизводимо работает на полных ядерных экстрактах из культивируемых клеток человека.