АНАЛИЗ ТКАНЕСПЕЦИФИЧЕСКИХ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНО МЕТИЛИРОВАННЫХ И ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ ГЕНОВ ПРИ НЕМЕЛКОКЛЕТОЧНОМ РАКЕ ЛЕГКОГО

摘要

Аденокарцинома и плоскоклеточный рак — два подтипа немелкоклеточного рака легкого, которые относятся к наиболее распространенным видам злокачественных опухолей и вносят большой вклад в структуру смертности от онкологических заболеваний. Цель настоящей работы состояла ввыявлении локусов и генов, дифференциально метилируемых (DML и DMG соответственно) в опухолях этих двух типов, и в определении различий в уровне экспрессии метилируемых генов. Используя базу данных TCGA и чипы Illumina Human Methylation 27, мы провели скрининг DMG и DML в образцах опухолей, а затем оценили связь гипермстил и рова иных и гипометилированных генов с различными биологическими процессами, представленными в каталогах базыданных Gene Ontology (GO). Показано, что интенсивному гиперметилированию подвергаются CpG-островки, тогда как гипометилирование происходит вне CpG-островков. Большинство генов, гиперметилированных в аденокарциномах и при плоскоклеточном раке легкого, участвуют в ДНК-зависимой регуляции транскрипции, а гипометилированные гены вовлечены преимущественно в иммунные процессы. Кроме того, выявлены различия в уровнях экспрессии специфических генов, дифференциально метилируемых в аденокарциномах и плоскоклеточном раке легкого. Сделан вывод, что обнаруженные различия в статусе метилирования генов в аденокарци-номе и плоскоклеточном раке легкого могут играть важную роль в канцерогенезе.