ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ MALDI-TOF ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ В ГЕНАХ gyrA И parC Neisseria gonorrhoeae ОДНОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗАМЕН, ОПРЕДЕЛЯЮЩИХ ФОРМИРОВАНИЕ УСТ

摘要

Многие из известных механизмов реализации лекарственной устойчивости у микроорганизмов имеют генетические маркеры - специфические изменения в геноме, в большинстве случаев представляющие собой однонуклеотидные замены. Поиск новых, более эффективных методов выявления однонуклеотидных замен актуален для решения проблемы идентификации устойчивых штаммов. В данной работе предложен новый подход к определению однонуклеотидных замен, в основе которого лежит минисеквенирование и/или секвенирование с последующим определением продуктов реакций с помощью матричной лазерной десорбционно-ионизационной масс-спектрометрии на время-пролетном масс-спектрометре (MALDI-TOF MS). Метод апробирован на примере клинической группы штаммов Neisseria gonorrhoeae в опытах по определению в генах gyrA и раrC специфических однонуклеотидных замен, являющихся генетическими маркерами устойчивости бактерии к фтор-хинолонам, Наши данные полностью совпали с данными, полученными ранее при использовании метода "золотого стандарта", а именно - секвенирования и гель-электрофоретического разделения продуктов реакции. Самостоятельный интерес представляет метод секвенирования коротких последовательностей ДНК с помощью MALDI-TOF MS. Новый подход значительно повышает эффективность методов идентификации, генотипирования и определения генетических маркеров лекарственной устойчивости микроорганизмов.