СТРУКТУРНОЕ ПОВЕДЕНИЕ РНК-СВЯЗЫВАЩИХ БЕЛКОВ В СВОБОДНОМ СОСТОЯНИИ И В СОСТАВЕ КОМПЛЕКСА С РНК: РИБОСОМНЫЙ БЕЛОК L25 И 5S рРНК ИЗ Escherichia coli

摘要

Предложен новый подход к оценке устойчивости полярных кластеров, содержащих места связывания с РНК, на поверхности белков. Степень кластеризации боковых групп полярных остатков белка, образующих контакт с РНК, может служить мерой устойчивости соответствующих полярных кластеров. Ри-босомный белок L25 из Escherichia coli образует комплекс с фрагментом 5S рРНК с помощью двух мест связывания S1 и S2. В работе изучено распределение полярных остатков, контактирующих с РНК, по кластерам на поверхности молекулы белка. Использованы структурные данные для комплекса (кристалл и раствор) и свободного состояния белка L25 (раствор). Оценка степени кластеризации полярных остатков областей связывания S1 и S2 для комплекса в кристаллическом состоянии дала величины 71.4 и 100%. В случае свободного белка в растворе степень кластеризации областей S1 и S2 оказалась равной 22.8 и 68.6%, соответственно. Таким образом, получена количественная оценка устойчивости для двух типов областей связывания белка с РНК: области, существующей в белке, и области, индуцированной структурой РНК в процессе образования комплекса. Показано, что различия в структуре белка в кристалле и в растворе могут иметь важное функциональное значение. Полученные данные могут быть перенесены на многочисленные комплексы белков с двухцепочечными молекулами РНК и ДНК.