ОЦЕНКА КАЧЕСТВА ПРИБЛИЖЕНИЯ АТОМ-АТОМНЫХ КОНТАКТОВ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ В БЕЛКАХ КОНТАКТАМИ СИЛОВЫХ ЦЕНТРОВ ЭТИХ ОСТАТКОВ

摘要

Насколько хорошо контакты "силовых центров" аминокислотных остатков описывают наличие атом-атомных контактов этих остатков в белках? Для ответа на этот вопрос мы рассмотрели силовые центры, помещенные в С_(alpha)-атом; в С_(beta)-атом; в оптимальное положение на оси С_(alpha)-С_(beta) и в геометрический центр остатков. В каждом случае подбирались оптимальные контактные радиусы остатков. Предельный коэффициент корреляции между контактом силовых центров остатков и наличием атом-атомных контактов этих остатков (85%) был получен для "силовых центров", размещенных в геометрических центрах остатков. Для оптимизированного положения центра на оси С_(alpha)-С_(beta) корреляция равна 80%; чуть меньшее значение (78%)получено для силового центра, размещенного в С_(beta)-атоме; и всего 71% - для центра, размещенного в С_(alpha)-атоме. Полученные результаты позволяют оценить предельную точность расчетов, заменяющих атом-атомные взаимодействия в белке взаимодействиями аминокислотных остатков, рассматриваемых как целое.