机译:用分子动力学模拟数据计算热力集成法对新相核的成核屏障和互相自由能
Kazan Fed Univ Inst Phys Kazan 420008 Russia;
Kazan Fed Univ Inst Phys Kazan 420008 Russia;
thermodynamic integration; molecular dynamics; nucleation barrier; free energy; surface tension;
机译:用分子动力学模拟数据计算热力集成法对新相核的成核屏障和互相自由能
机译:利用分子动力学模拟结合三维参考相互作用位点模型理论进行自由能计算。 I.沿耦合参数的自由能摄动和热力学积分
机译:使用分子动力学模拟从扰动和积分热力学方法计算熵和焓:在水化和缔合热力学性质计算中的应用
机译:界面现象的分子建模-统计热力学模型在串联中使用分子动力学模拟
机译:从非平衡中提取平衡:通过分子动力学模拟获得自由能。
机译:评估MM / PBSA和MM / GBSA方法的性能:I。基于分子动力学模拟的无限能量计算的准确性
机译:通过使用适当选择的热力学循环和热力学积分方法进行蒙特卡罗计算机模拟,研究了将五种甲酰胺模型和三种水模型混合在一起时发生的热力学变化,包括这些模型组合本身的可混溶性。结果表明这两种组分的混合接近于理想的混合,因为混合的能量和熵在整个组成范围内都非常接近理想的项。关于混合的能量,甲酰胺的OPLS / AA-mod模型与其他模型相比,在质量上有不同的表现。因此,该模型得出的结果是负的,而其他模型则综合考虑了所有三个水模型的结果的正能量。实验数据支持后一种行为。尽管混合的亥姆霍兹自由能在整个组成范围内始终为负,但大多数测试模型组合显示出有限的混溶性,或至少非常接近某些组合物的混溶性极限。关于这些模型组合的可混溶性和混合能量,我们建议在水-甲酰胺混合物的模拟中使用CHARMM甲酰胺和TIP4P水模型的组合。
机译:用TmC-126对HIV-1蛋白酶复合物的结构功能的见解:分子动力学模拟和自由能计算。