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Enhanced sampling in simulations of dense systems: The phase behavior of collapsed polymer globules

机译:致密系统仿真中的增强采样:塌陷的聚合物球的相行为

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摘要

Slow relaxation due to dense packing encumbers the simulation of a variety of many particle systems like, for instance, collapsed polymers (folded proteins) or structural glasses. We propose to overcome this problem by a new algorithm, assigning each particle a fourth space coordinate and treating an expanded ensemble of systems of which the one with all fourth coordinates equal to zero is the physical system. An application of this simulation strategy to the coil-globule transition of homopolymers using the bond-fluctuationmodel reveals a hitherto unfound first-order lqiuid to solid transitionof the collapsed globule.
机译:由于密集堆积而导致的缓慢松弛阻碍了许多许多粒子系统的模拟,例如塌陷的聚合物(折叠的蛋白质)或结构玻璃。我们建议通过一种新算法来克服这个问题,该算法为每个粒子分配一个第四空间坐标,并处理系统的扩展集合,其中所有第四坐标等于零的系统是物理系统。将该模拟策略应用于使用键波动模型的均聚物的盘状小球过渡过程中,揭示了迄今尚未发现的坍塌小球从一阶液体到固体的转变。

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