Разработан новый метод анализа непосредственных ДНК-белковых контактов на основе разбиения Вороного. На основе изучения 1109 комплексов белок-ДНК из банка пространственных структур PDB выявлены предпочтения для взаимодействий нуклеотидов с боковыми радикалами аминокислотных остатков: для А - пролин; для Т - гистидин; для G - аспарагиновая кислота; для С - высокое сродство к триптофану, аспарагиновой и глутаминовой кислотам. Таким образом, установлено, что GC-пары предпочтительно взаимодействуют с отрицательно заряженными аминокислотами, аланином и метионином, в то время как АТ-пары - с гисти-дином и с аминокислотами с большими неполярными боковыми радикалами.
展开▼
