最適グラフ発見に基づく蛋白質表面からの結合部位抽出におけるグラフの抽象化

摘要

蛋白質は局所的な部位において低分子化合物（リガンド）と結合して，機能を発現するものが多く，局所的な構造の比較が蛋白質の機能を知るための手掛りになる．本研究では，蛋白質表面をグラフで表し，類似グラフ探索を行う．そして，結合部位になる可能性が高い構造に高い評価値を与える評価関数により，最適グラフを発見することで，結合部位を予測する．類似グラフ探索の際，計算コスト削減のために，グラフを抽象化する手法を提案する．提案手法を蛋白質の結合部位予測へ適用した結果，計算コストを削減し，精度の高い予測を実現できた．