Идентификация белков методом пептидного картирования (PMF-peptide mass fingerprint) широко применяется в протеомных исследованиях, вьшолняемых с использованием времяпролетного масс-спектрометра и одномерного или двумерного гель-электрофореза. Одним из параметров, существенно влияющим на результаты идентификации, 5шляется допуск на расхождение между теоретической и экспериментальной массой пептида (peptide mass tolerance). Влияние этого параметра можно оценить путем подсчета количества достоверно идентифицированных; белков для референсного набора масс-спектров.В данной работе в качестве референсного набора использовали 400 масс-спектров пептидных фрагментов, полученных в результате гидролиза срезов одномерного гель-электрофореза микросомальной фракции печени с последуюпщм проведением измерения на времяпролетном масс-спектрометре Ultraflex (Вшкег Daltonics, Германия). При идентификации белков в программе Mascot допуск на расхождение между теоретической и экспериментальной массой пептцда варьировал в диапазоне от 0.02 до 0.40 Да с шагом 0.01 Да. В зависимости от значения параметра количество идентифицированных белковменялось более чем в 10 раз. Наибольшее количество белков было идентифицировано при значении параметра, равном 0.15 Да (120 м.д.), что в 1.5—2 разапревышает рекомендуемые значения допуска для даиюго типа масс-спектрометров. В результате работы была создана программа PMFScan, позволяющая строить зависимость количества идентифицированных белков от значения допуска.
展开▼
