Обзорная статья посвящена современной стратегии полнотранскриптомных исследований внутриклеточных патогенов в системах in vivo. Подробно рассматриваются методы предварительного обогащения РНК бактериальной фракцией, в том числе методы, основанные на гибридизационных принципах, способы синтеза кДНК с учетом особенностей прокариотической РНК, а также методы анализа обогащенной фракции бактериальной кДНК, в частности активно развивающийся метод широкомасштабного параллельного секвенирования (RNA-seq). В качестве иллюстраций обсуждаемых методовприведены примеры анализа транскриптома Mycobacterium tuberculosis в различных условиях инфицирования, в клеточных линиях, пораженных тканях модельных животных и хирургических образцах легких и продемонстрированы преимущества и ограничения обсуждаемых методов.
展开▼
