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Identification of metastasis-associated breast cancer genes using a high-resolution whole genome profiling approach.

机译:使用高分辨率全基因组谱分析方法鉴定与转移相关的乳腺癌基因。

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摘要

PURPOSE: We employed a whole genome tumor profiling approach in an attempt to identify DNA copy number alterations (CNAs) and new candidate genes that are correlated with the metastatic potential of a primary breast carcinoma and with progression at the metastatic site. METHODS: Fifty-four small (
机译:目的:我们采用了全基因组肿瘤特征分析方法,以试图鉴定与原发性乳腺癌的转移潜力以及转移部位进展相关的DNA拷贝数改变(CNA)和新的候选基因。方法:五十四例小(≤2 cm),高级别,ER阳性,福尔马林固定的浸润性导管癌适用于全基因组分析。其中有24个在5-10年内未形成转移(无与伦比的原发,UP)。 30例肿瘤至少有一个同步腋窝淋巴结转移(原发匹配,MP;匹配淋巴结转移,ML)。基因组DNA与高密度(19k)BAC阵列杂交。统计分析揭示了CNA在UP和MP之间以及MP和ML之间的差异分布。我们选择了27个候选基因用于基因组DNA定量(Q-)PCR的验证实验。对于四跨膜TSPAN1,我们研究了原发性乳腺癌的单独队列和乳腺癌细胞系中的mRNA表达水平。结果:与UP肿瘤相比,匹配的原发(MP)肿瘤的DNA拷贝数丢失率高三倍。在UP-MP比较中,差异扩增或缺失了186个BAC。它们中的大多数定位于染色体7p,16q和18q。在MP-ML比较中,有131个BAC显示出不同的CNA。它们中的大多数位于1q和20号染色体。通过Q-PCR,可以确认七个候选基因显示出CNA的差异分布。 TSPAN1在UP中扩增,在MP肿瘤中缺失。该基因在ER阴性和高度乳腺癌中显着下调。结论:转移性肿瘤的缺失率更高,提示转移抑制基因可能失活。我们提供初步证据,TSPAN1可能是另一个重要的乳腺癌抑制基因,属于四跨素超家族。

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