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Weighted-ensemble Brownian dynamics simulation: Sampling of rare events in nonequilibrium systems

机译:加权集合布朗动力学模拟:非平衡系统中稀有事件的采样

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摘要

We provide an algorithm based on weighted-ensemble (WE) methods, to accurately sample systems at steadynstate. Applying our method to different one- and two-dimensional models, we succeed in calculating steady-statenprobabilities of order 10−300 and reproduce the Arrhenius law for rates of order 10−280. Special attention isnpayed to the simulation of nonpotential systems where no detailed balance assumption exists. For this large classnof stochastic systems, the stationary probability distribution density is often unknown and cannot be used asnpreknowledge during the simulation. We compare the algorithm’s efficiency with standard Brownian dynamicsnsimulations and the original WE method.
机译:我们提供了一种基于加权集成(WE)方法的算法,可以对稳态下的系统进行精确采样。将我们的方法应用于不同的一维和二维模型,我们成功地计算了10-300阶的稳态概率,并针对10-280阶的速率再现了阿伦尼乌斯定律。特别要注意的是不存在详细平衡假设的非电位系统的仿真。对于这种大类的随机系统,静态概率分布密度通常是未知的,并且不能在仿真过程中用作知识。我们将算法的效率与标准的布朗动力学仿真和原始的WE方法进行了比较。

著录项

  • 来源
    《PHYSICAL REVIEW E》 |2013年第6期|1-11|共11页
  • 作者单位

    Department of Physics Humboldt-Universit¨at zu Berlin Newtonstr. 15 12489 Berlin Germany;

    Department of Physics Humboldt-Universit¨at zu Berlin Newtonstr. 15 12489 Berlin Germany;

    IFISC Instituto de F´ısica Interdisciplinar y Sistemas Complejos CSIC-UIB E-07122 Palma de Mallorca Spain;

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  • 正文语种 eng
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