Teasing out transcription

摘要

几年前的一个发现——即连同被迅速退rn化的许多反义转录，转录能够以一种双向的rn方式开始——扩展了我们对于转录控制在开rn始后能够被施以影响的程度的认识。迄今为rn止，由于在活的有机体内探测初期转录的困rn难，对此进行的分析一直受到限制。如今利rn用一种新技术一一本土延伸转录测序(NET-rnseq)，Churchman和Weissman克服了这——rn问题，使得在活体内发生的转录能够在核苷rn酸的水平上加以监控。rn 作者着手设计了一种方法，使得他们在rn未扰动的细胞中发现初期转录。他们利用免rn疫沉淀反应标记了来自酿酒酵母的RNA聚合rn酶Ⅱ(RNAP Ⅱ)，随后深度测序了来自共纯rn化RNA的3’末端自940个核苷酸。通过在每个rn位置使用这些序列的密度，他们能够确定rnRNAP Ⅱ在每个位点的密度。一些特征意味rn着对初期转录的探知，包括内含子和超越聚rn腺苷酸化位点的区域的存在。这项技术探知rn转录而不考虑其稳定性的能力使得作者不rn禁提出，反义和正义转录是否紧密整合在一rn起。他们发现，尽管转录通常都是不同的，rn但大多数情况下正义转录要多于反义转录。