Suffix arrayを用いた高速な配列相同性検索の改良とェピゲノム解析への対応

摘要

We developed the system for fast homology search using suffix array. However, next generation sequencers are improving gradually and become to produce larger data than previous sequencers. Thus, we have developed a new faster system. To accelerate search using suffix array, we store the results of searching patterns whose length is less than L_(hash) and use them as caches. In addition, we enhanced our system to map bisulfite reads for epigenomics.%我々は以前にsuffix arrayを用いた高速な相同性検索システムを提案したが,近年の次世代シークェンサーの進歩が目覚ましく,得られる配列データは増加しており,さらなる高速化が必要とされている.このため,本研究では従来システムの改良を試み,長さL_(hash)のすベての文字列のsuffix arrayの検索結果を予め計算しておき,これを保存しておく.そして,検索の際はL_(hash)文字目までの検索には保存しておいたものを読み出すことで高速化した.また,このシステムを用いてェピゲノム解析へも対応するために,バイサルファイト処理を行ったDNA断片配列のマッピングができるように改良を行った.