Construction and characterization of the first bacterial artificial chromosome library for the cotton species Gossypium barbadense L.

摘要

As the second most widely cultivated cotton, Gossypium barbadense is well known for its superior fiber properties and its high levels of resistance to Fusarium and Verticillium wilts. To enhance our ability to exploit these properties in breeding programs, we constructed the first bacterial artificial chromosome (BAC) library for this species. The library contains 167424 clones (49920 BamHI and 117504 HindIII clones), with an estimated average insert size of 130kb. About 94.0% of the clones had inserts over 100kb, and the empty clones accounted for less than 4.0%. Contamination of the library with chloroplast clones was very low (0.2%). Screening the library with locus-specific probes showed that BAC clones represent 6.5-fold genome equivalents. This high-quality library provides an additional asset with which to exploit genetic variation for cotton improvement.Le Gossypium barbadense, la seconde plus importante espèce cultivée de cotonnier, est bien connu pour les propriétés supérieures de sa fibre et sa grande résistance aux flétrissements Fusarien et Verticillien. Afin d'accroître la capacité d'exploiter ces propriétés dans des programmes de sélection, les auteurs ont produit la première banque de clones BAC (chromosomes bactériens artificiels) pour cette espèce. La banque compte 167 424 clones (49 920 clones BamHI et 117504 clones HindIII) dont la taille moyenne est estimée à 130 kb. Environ 94,0% des clones ont des inserts de plus de 100kb et il y a moins de 4% de vecteurs vides. La contamination de la banque par des séquences chloroplastiques est très faible (à 2%). Le criblage de la banque avec des sondes spécifiques a révélé que la banque offre une couverture qui équivaut à 6,5 génomes. La grande qualité de la banque fournit un atout additionnel important en vue de l'exploitation de la variation génétique pour l'amélioration génétique du cotonnier.