A New Automata Based Approximate String Matching Approach and Web Interface for Bioinformatics Algorithms

摘要

trenBu ?al??mada temel biyoinformatik algoritmalar?i?in yeni bir web ara yüzü ve ?zgün bir yakla??k desen e?le?tirme algoritmas?sunmaktay?z. Web ara yüzümüz biyologlar, ??renciler ve ilgili ara?t?rmac?lari?in bu alandaki temel algoritmalar? ?al??t?rmaktad?r. Web ara yüzündealgoritmalar ü? b?lüm alt?nda toplanmaktad?r: Dizilim hizalama, desen e?le?tirmeve motif bulma. Her bir b?lümde, ?zgül veri seti ve problemlere en iyi uyanalgoritman?n bulunabilmesi i?in sonu?lar?n? kar??la?t?rabilecekleri algoritmalarsunulmaktad?r. Web ara yüzü ?al??ma süreleri, haf?za kullan?m? ve hizalamaskoru gibi konuya ?zel sonu?lar? sunmaktad?r. Ara yüz yeni geli?tirilen a??kkaynak kodlu dilleri ve ara?lar? kullanmaktad?r. Hafif ve kullan?c? dostu birara yüz olmas? amac?yla ara yüzün tüm k?s?mlar? Python dili ile kodlanm??t?r.Di?er yandan web ara yüzü i?in Django kullan?lm??t?r. ?al??man?n ikincikatk?s?, yakla??k desen e?le?tirme i?in tasarlanm?? yeni A-BOM algoritmas?d?r.Bu algoritma Backwards Oracle Matching algoritmas?n?n yakla??k varyasyonudur.Algoritmam?z? popüler yakla??k desen e?le?tirme algoritmalar? ile k?yaslad?k. Sonu?lar,A-BOM algoritmas?n? güncel yakla??k desen e?le?tirme algoritmalar? ile uzundesenler üzerinde kar??la?t?rd???m?zda, ?al??ma süresinde %30 ile %80 aras?nda k?salmageli?imi oldu?unu g?stermektedir.