Molecular Detection and Characterization of New Emerging Viruses by PCR Analysis in Hatay and Tekirdag Vineyards

摘要

Son y?llarda yeni nesil sekans analiz tekniklerinin yayg?n olarak kullan?lmas? ba?larda ve di?er bitki türlerinde etiyolojisi bilinmeyen bir?ok virüs hastal???n?n etmeninin belirlenmesini sa?lam??t?r.. Ba?larda bu teknoloji ile saptanan yeni virüslerden en ?nemlileri Grapevine Pinot Gris Virus (GPGV), Grapevine Syrah Virus-1 (GSyV-1), Grapevine Red-blotch associated Virus (GRBaV) ve Grapevine Roditis Leaf Discoloration Virus (GRLDaV)’dür. Bu ?al??man?n amac? Tekirda? ve Hatay ili ba? alanlar?nda GPGV, GSyV-1, GRBaV ve GRLDaV varl???n?n PCR ve DNA dizileme y?ntemleriyle saptanmas? ve karakterizasyonlar?n?n yap?lmas?d?r. Bu ?al??ma kapsam?nda virüs benzeri simptom g?steren omcalar?n yan? s?ra simptomsuz omcalardan da ?rnekler al?nm?? ve toplam olarak Tekirda? ilinden 191, Hatay ilinden ise 111 ?rnek toplanm??t?r. Tekirda? ilinden toplanan ba? ?rneklerinde %43,62 oran?nda GPGV, %1,04 oran?nda GSyV1 saptanm??t?r. Hatay ilinden toplanan ?rneklerde ise sadece %0,9 oran?nda GSyV1 saptanm?? ve testlenen ?rnekler GPGV, GRBaV, GRLDaV a??s?ndan temiz bulunmu?tur. Tekirda? ?rneklerinin GPGV i?in yap?lan RT-PCR analizlerinde k?smi k?l?f protein, hareketlilik, ve replikaz genlerini ?o?altan primerler kullan?ld???nda s?ras?yla 411 bp, 302 bp ve 618 bp büyüklü?ünde PCR ürünleri elde edilmi?tir Bu ürünlerin do?rudan iki y?nlü sekans analizi sonucunda ve her ü? gen b?lgesinin de nükleotid dizilimlerinin gen bankas?nda kay?tl? farkl? GPGV izolatlar? ile yüksek oranda homoloji g?sterdi?i saptanm??t?r.