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Practical Compressed Suffix Trees

机译:实用的压缩后缀树

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摘要

The suffix tree is an extremely important data structure in bioinformatics. Classical implementations require much space, which renders them useless to handle large sequence collections. Recent research has obtained various compressed representations for suffix trees, with widely different space-time tradeoffs. In this paper we show how the use of range min-max trees yields novel representations achieving practical space/time tradeoffs. In addition, we show how those trees can be modified to index highly repetitive collections, obtaining the first compressed suffix tree representation that effectively adapts to that scenario.
机译:后缀树是生物信息学中极为重要的数据结构。经典的实现需要大量空间,这使它们无法处理大型序列集合。最近的研究已经获得了后缀树的各种压缩表示形式,并具有很大的时空折衷。在本文中,我们展示了使用范围最小-最大树如何产生新颖的表示,实现了实际的时空权衡。此外,我们展示了如何修改这些树以索引高度重复的集合,从而获得可以有效适应该场景的第一个压缩后缀树表示形式。

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