La taxonomie bactErienne moderne : revue des techniques — application à la caractErisation des bactEries nodulant les lEgumineuses (BNL)

摘要

Taxonomy is the science that studies the relationships between organisms. It comprises classification, nomenclature, and identification. Modern bacterial taxonomy is polyphasic. This means that it is based on several molecular techniques, each one retrieving the information at different cellular levels (proteins, fatty acids, DNA...). The obtained results are combined and analysed to reach a "consensus taxonomy" of a microorganism. Until 1970, a small number of classification techniques were available for microbiologists (mainly phenotypic characterization was performed: a legume species nodulation ability for a Rhizobium, for example). With the development of techniques based on polymerase chain reaction for characterization, the bacterial taxonomy has undergone great changes. In particular, the classification of the legume nodulating bacteria has been repeatedly modified over the last 20 years. We present here a review of the currently used molecular techniques in bacterial characterization, with examples of application of these techniques for the study of the legume nodulating bacteria.Key words: polyphasic taxonomy, molecular characterization, bacteria, prokaryotes, legume nodulating bacteria, Rhizobium.La taxonomie est la science qui étudie les relations entre les organismes. Elle englobe la classification, la nomenclature et l'identification. La taxonomie bactérienne moderne se base sur plusieurs techniques moléculaires, chacune puisant l'information à des niveaux cellulaires différents (protéines, acides gras, ADN...). Elle est de ce fait appelée taxonomie polyphasique. Les résultats obtenus de différents niveaux cellulaires permettent une classification « consensus » du microorganisme. Jusque dans les années 1970, les microbiologistes ne disposaient pas de beaucoup de techniques pour la classification, ils se basaient essentiellement sur des critères phénotypiques (capacité à noduler une espèce de légumineuse pour un Rhizobium par exemple), mais la généralisation des techniques de caractérisation basées sur la réaction de polymérisation en chaîne a révolutionné la taxonomie bactérienne. Les bactéries nodulant les légumineuses ont vu leur classification sans cesse remaniée, surtout ces dernières années, grâce aux techniques de la taxonomie polyphasique. Nous présentons ici un aperçu des principales techniques moléculaires actuellement employées pour la caractérisation bactérienne, avec des exemples d'application de ces techniques puisés dans les bactéries nodulant les légumineuses.Mots clés : taxonomie polyphasique, caractérisation moléculaire, bactéries-prokaryotes, bactéries nodulant les légumineuses (BNL), Rhizobium.