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mapDamage: testing for damage patterns in ancient DNA sequences

机译:mapDamage:测试古代DNA序列中的损伤模式

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摘要

Summary: Ancient DNA extracts consist of a mixture of contaminant DNA molecules, most often originating from environmental microbes, and endogenous fragments exhibiting substantial levels of DNA damage. The latter introduce specific nucleotide misincorporations and DNA fragmentation signatures in sequencing reads that could be advantageously used to argue for sequence validity. mapDamage is a Perl script that computes nucleotide misincorporation and fragmentation patterns using next-generation sequencing reads mapped against a reference genome. The Perl script outputs are further automatically processed in embedded R script in order to detect typical patterns of genuine ancient DNA sequences.
机译:简介:古代DNA提取物由污染物DNA分子的混合物组成,这些污染物通常来自环境微生物,而内源片段则表现出对DNA的严重破坏。后者在测序读段中引入了特定的核苷酸错误掺入和DNA片段签名,可以有利地用于证明序列有效性。 mapDamage是一个Perl脚本,它使用映射到参考基因组的下一代测序读数来计算核苷酸错误掺入和片段化模式。 Perl脚本输出会在嵌入的R脚本中进一步自动处理,以检测真正的古代DNA序列的典型模式。

著录项

  • 来源
    《Bioinformatics》 |2011年第15期|p.2153-2155|共3页
  • 作者

    Ludovic Orlando;

  • 作者单位
  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
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