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How to Turn a Genetic Circuit into a Synthetic Tunable Oscillator or a Bistable Switch

机译:如何将遗传电路变成合成可调振荡器或双稳态开关

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摘要

Systems and Synthetic Biology use computational models of biological pathways in order to study in silico the behaviour of biological pathways. Mathematical models allow to verify biological hypotheses and to predict new possible dynamical behaviours. Here we use the tools of non-linear analysis to understand how to change the dynamics of the genes composing a novel synthetic network recently constructed in the yeast Saccharomyces cerevisiae for In-vivo Reverse-engineering and Modelling Assessment (IRMA). Guided by previous theoretical results that make the dynamics of a biological network depend on its topological properties, through the use of simulation and continuation techniques, we found that the network can be easily turned into a robust and tunable synthetic oscillator or a bistable switch. Our results provide guidelines to properly re-engineering in vivo the network in order to tune its dynamics.
机译:系统和合成生物学使用生物学途径的计算模型来计算机模拟研究生物学途径的行为。数学模型可以验证生物学假设并预测新的可能的动力学行为。在这里,我们使用非线性分析工具来了解如何改变组成最近在酵母酿酒酵母中构建的新型合成网络的基因的动力学,以进行体内逆向工程和模型评估(IRMA)。在先前的理论结果指导下,通过使用仿真和连续技术,使生物网络的动力学取决于其拓扑特性,我们发现该网络可以轻松地变成健壮且可调的合成振荡器或双稳态开关。我们的结果为正确调整网络体内结构以调整其动态性提供了指导。

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