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POWER: PhylOgenetic WEb Repeater—an integrated and user-optimized framework for biomolecular phylogenetic analysis

机译:POWER:系统进化的WEB中继器—一种集成的且用户优化的框架用于生物分子系统发育分析

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摘要

POWER, the PhylOgenetic WEb Repeater, is a web-based service designed to perform user-friendly pipeline phylogenetic analysis. POWER uses an open-source LAMP structure and infers genetic distances and phylogenetic relationships using well-established algorithms (ClustalW and PHYLIP). POWER incorporates a novel tree builder based on the GD library to generate a high-quality tree topology according to the calculated result. POWER accepts either raw sequences in FASTA format or user-uploaded alignment output files. Through a user-friendly web interface, users can sketch a tree effortlessly in multiple steps. After a tree has been generated, users can freely set and modify parameters, select tree building algorithms, refine sequence alignments or edit the tree topology. All the information related to input sequences and the processing history is logged and downloadable for the user's reference. Furthermore, iterative tree construction can be performed by adding sequences to, or removing them from, a previously submitted job. POWER is accessible at .
机译:系统遗传Web中继器POWER是一项基于Web的服务,旨在执行用户友好的管道系统发育分析。 POWER使用开源的LAMP结构,并使用完善的算法(ClustalW和PHYLIP)推断遗传距离和系统发育关系。 POWER结合了基于GD库的新颖树生成器,可以根据计算结果生成高质量的树拓扑。 POWER可以接受FASTA格式的原始序列,也可以接受用户上传的比对输出文件。通过用户友好的Web界面,用户可以轻松地在多个步骤中绘制树。生成树后,用户可以自由设置和修改参数,选择树构建算法,优化序列比对或编辑树拓扑。与输入序列和处理历史有关的所有信息均被记录并可以下载以供用户参考。此外,可以通过将序列添加到先前提交的作业或从先前提交的作业中删除序列来执行迭代树构造。可通过访问POWER。

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