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A dynamic data structure for flexible molecular maintenance and informatics

机译:灵活的分子维护和信息学的动态数据结构

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摘要

>Motivation: We present the ‘Dynamic Packing Grid’ (DPG), a neighborhood data structure for maintaining and manipulating flexible molecules and assemblies, for efficient computation of binding affinities in drug design or in molecular dynamics calculations.>Results: DPG can efficiently maintain the molecular surface using only linear space and supports quasi-constant time insertion, deletion and movement (i.e. updates) of atoms or groups of atoms. DPG also supports constant time neighborhood queries from arbitrary points. Our results for maintenance of molecular surface and polarization energy computations using DPG exhibit marked improvement in time and space requirements.>Availability: >Contact: >Supplementary information: are available at Bioinformatics online.
机译:>动机:我们介绍了“动态包装网格”( DPG ),这是一种用于维护和操纵柔性分子和装配体的邻域数据结构,用于有效计算药物设计中的结合亲和力>结果: DPG 仅使用线性空间即可有效地维护分子表面,并支持原子的准恒定时间插入,删除和移动(即更新)或原子组。 DPG 还支持从任意点进行恒定时间邻居查询。我们使用 DPG 维护分子表面和极化能计算的结果显示出对时间和空间要求的显着改善。>可用性: >联系方式: >补充信息:可从在线生物信息学获得。

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