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SBtab: a flexible table format for data exchange in systems biology

机译:SBtab:一种灵活的表格格式用于系统生物学中的数据交换

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摘要

>Summary: SBtab is a table-based data format for Systems Biology, designed to support automated data integration and model building. It uses the structure of spreadsheets and defines conventions for table structure, controlled vocabularies and semantic annotations. The format comes with predefined table types for experimental data and SBML-compliant model structures and can easily be customized to cover new types of data.>Availability and Implementation: SBtab documents can be created and edited with any text editor or spreadsheet tool. The website provides online tools for syntax validation and conversion to SBML and HTML, as well as software for using SBtab in MS Excel, MATLAB and R. The stand-alone Python code contains functions for file parsing, validation, conversion to SBML and HTML and an interface to SQLite databases, to be integrated into Systems Biology workflows. A detailed specification of SBtab, including examples and descriptions of table types and available tools, can be found at .>Contact:
机译:>摘要:SBtab是Systems Biology的一种基于表的数据格式,旨在支持自动数据集成和模型构建。它使用电子表格的结构,并定义表结构,受控词汇表和语义注释的约定。该格式随附用于实验数据和符合SBML的模型结构的预定义表格类型,并且可以轻松自定义以涵盖新的数据类型。>可用性和实现:可以使用任何文本编辑器创建和编辑SBtab文档或电子表格工具。该网站提供用于语法验证和转换为SBML和HTML的在线工具,以及在MS Excel,MATLAB和R中使用SBtab的软件。独立的Python代码包含用于文件解析,验证,转换为SBML和HTML的功能,以及SQLite数据库的接口,将其集成到Systems Biology工作流程中。有关SBtab的详细规范,包括表类型和可用工具的示例和说明,请访问。>联系

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