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SIC: a tool to detect short inverted segments in a biological sequence

机译:SIC:一种检测生物序列中短反向序列的工具

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摘要

The web software SIC provides a tool to search for short inverted segments (length 3–5000 bp) in a DNA sequence. The sequence is assumed to follow a Markov model. A statistic which is sensitive to inversion is presented. Searching inverted segments is done by a scanning approach after the user specifies the size of the scanning window and the order of the Markov chain. A list of the highest score segments is given with an assessment of the randomness of the result. SIC can be accessed via the URL: .
机译:网络软件SIC提供了一种工具来搜索DNA序列中的短反向片段(长度为3–5000 bp)。假定该序列遵循马尔可夫模型。提出了对反演敏感的统计数据。在用户指定扫描窗口的大小和马尔可夫链的顺序之后,通过扫描方法搜索反向片段。给出了最高分数段的列表,并评估了结果的随机性。可以通过URL访问SIC。

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