通过整合分析解析AML1-ETO融合蛋白靶基因的方法

摘要

目的:通过整合不同来源的表达谱数据和转录因子结合位点分析方法,以解析受AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因。方法:整合含有异常转录因子的表达谱数据和RNA干扰该转录因子的表达谱数据,筛选出与该转录因子密切相关的差异表达基因,应用转录因子结合位点分析法解析和评价该转录因子的潜在靶基因。以富集和干扰AML1-ETO融合蛋白表达的表达谱数据作为实例,具体解析AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因,并通过染色体免疫共沉淀-实时定量PC(Rchromatin immunoprecipitation-real time quantitative-PCR,ChIP-qPCR)验证这种方法的可靠性。结果:获得与AML1-ETO融合蛋白密切相关的基因311条,其中72条包含有AML1-ETO结合位点(上调25条、下调47条)。上调和下调基因与背景基因组相比,差异均有统计学意义(P值均<0.005)。整合之后,2组表达谱中共同调变的基因中,潜在AML1-ETO融合蛋白调控的靶基因比例更高。随机选择潜在靶基因进行ChIP-qPCR验证,证实这些基因大多能被AML1-ETO融合蛋白结合。结论:通过整合分析筛选AML1-ETO融合蛋白调控潜在靶基因的方法是可行的,且可信度较高。