干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析

摘要

为阐明青稞在旱胁迫下基因发生可变剪切的规律,本研究以抗旱的“喜拉16号”和旱敏感的“迪庆黑元桂”为试验材料,分别对对照和21％PEG浓度下处理的样本进行多时间点的全转录组测序.结果 表明,利用Leaf Cutter软件在所有的样品中共检测到了22181个可变剪切事件;通过PCA分析发现,可变剪切具有明显的品种间特异性;另外,通过与抗旱基因数据库比对分析发现,在干旱胁迫处理下2个类型品种间有多个抗旱相关的基因发生了显著的差异可变剪切,分别是HVUL1H16429(AtrbohF)、HVUL1H12808 (HAB1)、HVUL4H58649(ABF4)、HVUL4H35985(AtrbohD)、HVUL7H07799 (LOS5)、HVUL3H43774 (CLCc)、HVUL3 H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);对2个品种各自在对照与旱胁迫条件下的差异可变剪切基因进行pathway分析,发现了抗旱品种的差异可变剪切基因参与了更多的pathway,并且鉴别出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism这4条通路显著富集.为解析青稞抗旱分子机理与培育青稞抗旱新品种奠定了理论基础.