犬1型腺病毒E1B-55K蛋白的结构预测及分析

摘要

犬1型腺病毒El区包括E1A、E1B-55K和E1B-19K.为了研究E1B-55K可延缓细胞过早凋亡,并协助mRNA翻译的作用.本文采用生物信息学方法预测E1B-55K蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区结构、二级及三级结构、磷酸化及糖基化位点和抗原表位,并分析其结构和功能.结果发现E1B-55K有424个氨基酸,原子组成为C2199H3535N575O538S39,分子量为47 887.13,带负电与正电的氨基酸残基总数分别为25和46个,不稳定指数为42.53.E1B-55K蛋白有23个磷酸化位点.只有1个糖基化位点位于第64位.E1B-55K是平均亲水系数为0.662的疏水蛋白,无信号肽和跨膜区结构.二级结构中β折叠占12.50％、α螺旋占38.68％、无规卷曲和延伸链分别为23.58％和25.24％.在三级结构中获得E1B-55K蛋白的可信度和覆盖率分别为38.6％和2％.有17个抗原决定簇和45个优势的B细胞抗原表位存在于E1B-55K蛋白中.从而得出预测E1B-55K蛋白的性质、结构和功能有助于建立基于E1B-55K的ELISA检测方法和亚单位疫苗的结论.