圈养不同性别林麝粪便菌群多样性研究

摘要

[目的]采用16S rRNA高通量测序技术来揭露雄性和雌性林麝的粪便菌群的结构和组成.[方法]选取10只雌性和10只雄性林麝作为试验动物,采集其新鲜粪便,提取微生物总DNA,用细菌通用引物PCR扩增16S rRNA的V3～V4区,用Illumina MiSeq测序平台对扩增产物进行高通量测序,用QIIME等软件对测序序列进行分析统计.[结果]雄性样本、雌性样本分别平均为57 504±8187条、50 190±6963条有效序列.在α多样性分析中雌雄微生物丰富度和多样性在组间均无显著差异(P＞0.05),但雄性微生物的丰富度、多样性高于雌性.门水平中,Firmicutes,Proteobacteria和Bacteroidetes为雌雄主要3个优势门类,其中Bacteroidetes在雌性所占比例较雄性高.科水平中Ruminococcaceae,Lachnospiraceae和*Clostridiales为雌雄主要3个优势科类,此外雌性含有更多的* Bacteroidales,雄性含有更多的Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae.主成分分析和以偏最小二乘回归的判别模型和菌群代谢功能聚类分析都反映出雌性和雄性存在差异,而且发现雄性的样本重复性好于雌性的重复性,但都存在一定的个体差异.[结论]雄性和雌性林麝粪便中细菌组成成分没有显著差异,但同类细菌在不同个体和分组上存在比例上的高低差异,雄性微生物组成包含更多的潜在致病菌例如Pseudomonadaceae,而雌性微生物包含更多有益菌*Bacteroidales,这可能反映出雄性和雌性对于疾病抵抗能力的不同.