灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异

摘要

为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)的NS2和NS3基因分子变异特征,采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物,RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序,再结合Genbank中已报道的其他分离物序列,利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分离物的分子变异特点及系统发育关系.序列测定表明,20个分离物NS2和NS32个基因核苷酸序列同源性分别为96.5％～100％ (NS2)和95.4％～100％(NS3),推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97.0％ ～100％(NS2)和96.2％～100％(NS3).基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组,其中一组均为中国云南水稻上的分离物,2组间遗传距离分别为0.05711(NS2)和0.06081(NS3),2基因的Z-test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下.从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析,其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关,2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群;其次与寄主相关,可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群.