南酸枣转录组SSR序列特征分析及其分子标记开发

摘要

为了开发南酸枣植物的微卫星分子标记,本研究基于Illumina-HiSeq2000测序平台对南酸枣叶片和果实的转录组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的转录组数据库进行搜索与分析,共鉴别出15168个SSR位点,SSR位点的发生频率为25.52%,平均分布距离3.98kb,以单核苷酸重复类型相对比例最高,占总数的62.32%,二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型分别占18.74%和17.47%。利用GenScript在线软件设计出150对SSR引物,以不同来源南酸枣4个无性系DNA样品对150对SSR引物进行扩增效率检验,发现有115对引物可扩增出清晰条带,其中25对引物具有多态性。本研究结果表明,利用高通量测序技术开发南酸枣SSR分子标记是一种简单而高效的途径,可为南酸枣的居群遗传多样性、遗传结构以及种质资源鉴定研究奠定基础。