ORF1编码的四种非结构蛋白可用于戊型肝炎病毒的基因分型

摘要

目的探讨人类戊型肝炎病毒（HEV）开放阅读框（ORF）1编码的四种非结构蛋白的基因序列能否用于其基因组的分型。方法从Gen Bank中查找并下载能感染人类测序完整的全基因组的HEV基因组及蛋白序列共35株,用Clustal W程序对35株HEV的ORF1编码区序列进行多序列比对,并用treev32绘制基因进化树,研究其进化关系。结果 HEV的基因组全长为7.5kb;而RNA依赖的RNA聚合酶只有1460bp,其他的基因序列则更短,木瓜样半胱氨酸蛋白酶为479bp、解旋酶为734bp,多聚脯氨酸铰链只有200bp。这四种蛋白的多序列比对和进化分析结果与Gen Bank中的分型结果相符。结论 HEV ORF1编码表达的木瓜样半胱氨酸蛋白酶、多聚脯氨酸铰链、解旋酶和RNA依赖的RNA聚合酶的基因序列更短,且可作为HEV的分型依据,从而为HEV的分型找到了一种更简便、快捷的方法。