杜仲YABBY基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

摘要

YABBY基因是具有锌指结构和螺旋-环-螺旋结构的转录因子,在植物叶、花器官发育和侧生器官极性建立的过程中起重要的调控作用.本研究基于杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)全基因组组装及注释数据,首次通过生物信息学手段鉴定并分析杜仲EuYABBY基因家族的特征,包括保守结构域、基因结构、蛋白理化性质、进化关系、基因定位以及基因家族成员启动子区的分析等.结果表明,杜仲中有10个EuYABBY基因,均含有保守的锌指结构和YABBY结构域,进化关系分析显示为3个亚家族,基因定位发现YABBY基因家族均定位到scaffold上;启动子区分析显示,除了核心元件,还含有大量的MBS、G-box以及LTR等非生物胁迫响应元件,以及茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)等激素响应元件.本研究初步研究了杜仲EuYABBY基因的特征,为EuYABBY基因的功能验证和研究提供理论基础.