10828条籼稻全长cDNA的分离和注释

摘要

全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值.以分离籼稻基因组全长cDNA为目标,从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA,其中780条是新的水稻表达序列.所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一:（i）5’端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF（9078条）;（ii）包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列（6543条）.在分离到的全长cDNA中,53%的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5’端非翻译区（5’UTR）;90.28%（9776条）的序列能定位到粳稻基因组序列上,92.78%（10046条）的序列可以定位到籼稻基因组序列上;8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上,籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2%;90%以上的全长cDNA能进行GO （gene ontology）分类.在780条新的cDNA中,60%以上的找不到任何同源蛋白序列.