毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析

摘要

微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子.为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of SequencesContaining repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库.随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%.Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258 bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD).Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%.Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20 bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的.