基于转录组测序开发糜子SSR标记

摘要

[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数.[结果]200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性.单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A(50%)和T(50%).二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种(AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少).三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种(GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少).就引物分辨率(Rp)值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.67-4.67(平均2.07)、1.33-4.33(平均2.73)和0.67-4.00(平均1.83).基于Rp值分析SSR分布频次,发现80个标记分布在5个区间:0-1、1-2、2-3、3-4和4-5,分别包含17(21.25%)、36(45.00%)、11(13.75%)、14(17.50%)和2个(2.50%).就Rp值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.33-0.67(平均0.51)、0.40-0.78(平均0.59)和0.33-0.83(平均0.59).单碱基序列重复标记共检测到22个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.2000),其中8个和2个位点分别具2和3个变异;二碱基序列重复标记共检测到38个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.5333),其中7个和8个位点分别具2和3个变异;三碱基重复标记共检测到136个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.4727),其中29个和26个位点分别具2和3个变异.就多态性信息含量而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.3750-0.5355(平均0.4293)、0.2392-0.7438(平均0.4293)和0.2392-0.7438(平均0.3989).就多样性指数而言,1-3碱基序列重复分别为0.6365-1.0776(平均0.7497)、0.5623-1.0986(平均0.8339)和0.5623-1.0889(平均0.8312).[结论]基于转录组测序结果,检测200对SSR引物的多态性,发现177对(88.5%)可以扩增出完整条带,其中80对具多态性,多态率为40%.