猪瘟病毒流行株与疫苗株Erns基因的序列分析

摘要

采用RT-PCR技术扩增了HCV 1 0个野毒株、4批不同厂家生产的兔化弱毒疫苗株和1个标准SM株Erns基因的cDNA片段并对其进行了序列测定.应用DNA st a r序列分析软件对所测的1 5个HCV毒株与国内外6个参考毒株A1fort、A1d、Bre s ci a、Gpe、C、CW株的相应片段进行了同源性比较分析.1 5株HCV Erns基因长度均为69 6 bp,其核苷酸及氨基酸的同源性分别为8 3.0%～1 0 0.0%和8 7.9%～1 0 0.0%.系统发生分析可将这些毒株分为Ⅰ和Ⅱ两大基因群及4个亚群,Erns基因与E 2、NS 5B基因在系统发生分析中具有较高的一致性.国内4批不同厂家生产的兔化弱毒疫苗相对稳定,仅1～2个氨基酸残基具有差异.通过对1 0个流行株与SM株Erns基因的比较分析,发现我国HCV具有复杂性、多样性和相对的遗传稳定性;所测1 5株HCV Erns基因具有RNa se活性的2个区域SLHGIWPG(或E)(28～36位)和EWNKHGWC(7 5～82位)十分保守,但疫苗毒SLHGIWPE基序中的E替换为G,而基序中位于30和79位的H(组氨酸)为RNa s e的催化活性关键氨基酸残基,高度保守,1 5个HCV Erns基因和6株参考株没有一株发生变异.本研究为开展Erns基因的生物学活性、结构与功能等方面的研究奠定了基础.