广西部分猪场猪流行性腹泻病毒S基因克隆及序列分析

摘要

采集广西25个猪场的病料,对猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性组织样品进行全S基因扩增。将41株全S基因进行序列比对及遗传进化分析,41株PEDV的S基因之间核苷酸同源性为94.8%~100%,与参考毒株核苷酸同源性为89.3%~99.4%。S基因进化树图谱显示,广西当前流行的PEDV可分为2个谱系。Attenuated-DR13、CV777和该研究中的CHGXLC055-92013、CHGXLC055-52013、CHGXGP035-72013和CHGXGP035-82013为Cluster1;Cluster3包括该研究另外37株毒株、韩国株Spk1、HuN和日本株NK等参考毒株。表明广西大部分毒株S基因与欧洲株CV777、LZC等国内早期毒株存在较大的差异,进化树亲缘关系比较远;在抗原表位区域存在较大变异,当前的CV777疫苗株在防控PEDV入侵时可能不会产生良好的免疫保护效果。